Museum Batik Yogyakarta pertama kali didirikan pada tahun 1960-an atas prakarsa Hadi Nugroho si pemilik museum. Pada awalnya, belum ada campur tangan dari pemerintah daerah Yogyakarta atas pengelolaan museum. Baru pada tahun 1979, tempat ini diresmikan dan diakuisisi oleh pemerintah daerah DIY (Daerah Istimewa Yogyakarta). Akte museum Batik tercatat pada nomor 22 yang diterbitkan pada tahun 1977 dan kemudian diperbaharui lagi pada tahun 2014. Pada tahun 2001, museum mendapatkan sertifikat dari UNESCO sebagai warisan kultural dunia. Keberadaan museum Batik Yogyakarta ini telah mengangkat derajat kota Yogyakarta dengan diberikannya nama Kota Batik oleh WCC pada tahun 2014 lalu.