Museum berjenis umum ini awalnya berada di dalam Kompleks Pendopo Krido Manunggal yang diresmikan pada 25 Agustus 1984 oleh Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Jawa Timur Bapak Wahono. Selanjutnya lokasi museum berpindah ke tempat yang lebih strategis yaitu di sisi barat alun-alun dan berdekatan dengan wisata ziarah Sunan Bonang. Lokasi museum yang baru kemudian diresmikan pada 15 Januari 1996 oleh Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Jawa Timur Bapak Basofi Sudirman. Gedung museum dahulunya digunakan sebagai kantor Badan Perencanaan Pembangunan Daerah (Bappeda). Pada masa Kolonial, gedung tersebut dikenal dengan nama “kamar bola” atau ball room yang diperuntukkan sebagai tempat hiburan kaum Indisch. Jenis koleksi yang dipamerkan di museum ini adalah patung, nekara, arca, tombak, jangkar, kain, kalpataru, dll. Sedangkan koleksi unggulannya adalah patung keramik setinggi 9,5 cm dengan berat 80 gr berglasir kebiruan (qingbai) dari abad ke-14 berasal dari Jingdezhen Provinsi Jiangxi. Saat ini kepemilikan museum berada di bawah tanggung jawab Dinas Pariwisata, Kebudayaan Pemuda, dan Olahraga Kabupaten Tuban dan dikelola oleh Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Museum dan Purbakala.