Museum Tembi Rumah Budaya berdiri karena gagasan dan keinginan P. Swantoro, yang berprofesi sebagai wartawan dan sejarawan. Awalnya, Swantoro ingin mendirikan lembaga yang khusus menangani budaya dan sejarah Jawa, seperti Java Institut pada masa lalu. Dengan nama Lembaga Studi Jawa (LSJ), program rutinnya adalah pengkajian, pementasan dan pendokumentasian sejarah dan budaya Jawa. Proyek pertamanya adalah menerbitkan Ensiklopedi Jawa. Pada 21 Oktober 1999, Ensiklopedi Jawa diluncurkan, sekaligus peresmian pembukaan Museum Jawa. Berikutnya pada tahun 2000, LSJ berubah menjadi Rumah Budaya Tembi. Demikian pula nama museum berubah menjadi Rumah Budaya Tembi. Kemudian pada tahun 2008, nama Rumah Budaya Tembi berubah menjadi Tembi Rumah Budaya.