Semula museum ini merupakan sebuah anjungan yang dibangun pada tahun 1979 dan diresmikan tanggal 20 April 1980 oleh Presiden Soeharto. Setelah Provinsi Timor Timur memisahkan diri dengan Negara Kesatuan Republik Indonesia, anjungan Timor Timur kemudian menjadi suatu monumen dan menjadi tanggungjawab Taman Mini Indonesia Indah (TMII). Sebagai monumen, anjungan Timor Timur kemudian berstatus museum di bawah pengelolaan Istana Anak-Anak Indonesia.