Realisasi pendirian museum Sonobudoyo tidak lepas dari keputusan Kongres Kebudayaan Java-Instituut tahun 1924 di Yogyakarta. Kongres Kebudayaan tersebut menghasilkan keputusan salah satunya adalah mendirikan sebuah museum di Yogyakarta. Keputusan tersebut lahir setelah peserta mendapat inspirasi dari pameran dengan tema seni bangunan Jawa yang digelar oleh Java-Instituut saat berlangsungnya Kongres Kebudayaan tersebut. Sebagai langkah awal realisasi pembangunan museum maka dibentuk sebuah komisi bernama Nyverheid Commisie yang bertugas mempelajari dan mengumpulkan data kebudayaan. Komisi tersebut dibentuk pada tanggal 12 Juli 1928 dan diresmikan pada tanggal 19 November 1928 oleh J.E. Jasper, Gubernur Resident Yogyakarta sekaligus sebagai ketua komisi, sedangkan sekretarisnya adalah S. Koperberg. Komisi tersebut bertugas mengumpulkan data tentang kerajinan (Nijverheid Commisie) dan kerajinan benda-benda seni (Kunst Nijverheid) dengan bantuan Kantor Kerajinan (Nijverheid Kantoor) di Jawa, Madura, Bali dan Lombok. Hasil pengumpulan data kebudayaan tersebut didokumentasikan dalam sebuah buku berjudul De Inheemsche Nijverheid op Java, Madura, Bali en Lombok. Buku tersebut diterbitkan pada tahun 1929 yang kemudian dijadikan sebagai dasar pedoman dalam pengumpulan koleksi utama museum sesuai dengan tujuannya. Pengumpulan koleksi juga dibantu oleh Panti Boedaja (Der Stichting Panti Boedaja) yang didirikan Pada tanggal 10 Februari 1930 di Surakarta. Yayasan tersebut lahir setelah digelar diskusi di Pura Mangkunegaran yang dihadiri oleh Gubernur Residen Surakarta dan Yogyakarta, kepala Mangkunegaran dan Paku Alaman, Direksi Nasional Kasultanan Yogyakarta dan Kasunanan Surakarta. Panti Boedaja bertugas membantu Java-Instituut dalam mengumpulkan data-data kebudayaan berupa naskah kuno. Yayasan tersebut dipimpin oleh Mangkunegara VII yang sekaligus sebagai dewan pengawas.