Museum Wajakensis merupakan museum umum yang didirikan pada akhir tahun 1996. Museum ini berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kabupaten Tulungagung dan dikelola oleh Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Tulungagung. Ide pendirian museum berawal karena terdapat banyak penemuan cagar budaya di sekitar situs percandian di Kabupaten Tulungagung. Pada tahun 1856-1864, Bupati pertama Tulungagung, RM A. Sosrodiningrat membuatkan ruang kaca untuk meletakkan benda-benda tersebut di Pendopo Kongas Arum Tulungagung. Selanjutnya pada tahun 1996, benda-benda tersebut dipindahkan ke bangunan museum yang sekarang karena semakin bertambahnya jumlah koleksi. Penamaan Wajakensis didasarkan pada pertimbangan bahwa di daerah Tulungagung Selatan terkenal berkat temuan fosil Wajak 1 dan Wajak 2 yang kemudian dikenal sebagai Homo Wajakensis (Manusia Purba dari Wajak). Jenis koleksi yang dipamerkan adalah arkeologika dan etnografika dengan koleksi unggulannya replika Homo Wajakensis.