Sejarah Museum Provinsi Sulawesi Utara berawal dari diserahkannya sejumlah temuan benda-benda keramik oleh seorang anggota masyarakat dari Desa Rasi Kecamatan Ratahan Kabupaten Minahasa Tenggara yang bernama Bola Lensun pada tahun 1967. Dengan begitu banyak temuan benda-benda yang terkumpul, pemerintah dalam hal ini orda Dirjen Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan pada Pelita II tahun anggaran 1974 – 1977 melalui proyek pengembangan kebudayaan Provinsi Sulawesi Utara membuat tersedianya anggaran pembangunan museum seluas 1400 meter persegi. Pada tahun anggaran 1977 – 1978 lokasi pembangunan museum Negeri Provinsi Sulawesi Utara diperluas menjadi 11.048 meter persegi dan lokasinya terletak dipusat kota yaitu di jalan W.R. Supratman No. 72 Manado. Sejak tahun 1974 museum Negeri Provinsi Sulawesi Utara dikenal dengan nama museum persiapan resmi menjadi Museum Negeri Provinsi Sulawesi Utara.