Museum Fauna Indonesia “Komodo” dan Taman Reptilia (MFIK & TR) merupakan museum khusus yang dibangun pada tahun 1975 dan diresmikan pada 20 April 1978. MFIK & TR ini merupakan museum pertama di Kawasan Taman Mini Indonesia Indah (TMII). Pembangunan museum ini bertujuan untuk mengenalkan satwa asli Indonesia dalam bentuk sudah diawetkan. Konsep edukasi di museum ini mengarahkan pada pengembangan makna dan nilai-nilai yang terkandung di dalam setiap koleksi spesimen satwa yang ada.Pada 19 Oktober 1999 untuk memenuhi kebutuhan pengunjung museum, dibangun Taman Reptilia. Taman Reptilia dibangun mengelilingi bangunan museum. Taman ini menyajikan beragam jenis spesies satwa reptilia dan amfibia hidup lengkap dengan fasilitas kandang tertutup dan terbuka. Pada tahun 2010, museum ini dijadikan sebagai Lembaga Konservasi eks situ dalam bentuk taman satwa oleh Menteri Kehutanan.

Museum Jenderal Besar Dr. A.H. Nasution merupakan museum khusus yang diresmikan oleh Presiden Republik Indonesia Ke-7, Susilo Bambang Yudhoyono pada 3 Desember 2008, bertepatan dengan Hari Kelahiran Dr. A. H. Nasution. Museum ini menceritakan mengenai perisiwa terjadinya G30S/PKI yang menewaskan anak A.H. Nasution, Ade Irma Suryani dan ajudan jenderal, Lettu Czi Piere Andreas Tendean, serta upaya penculikan dan pembunuhan Dr. A.H. Nasution yang gagal dilakukan. Rumah tersebut sebelum dijadikan sebagai kediaman Dr. A.H. Nasution merupakan tempat tinggal pegawai Gubernur Jenderal Belanda yang dibangun pada tahun 1923. Pegawai Gubernur Jenderal Belanda yang saat itu menempati merupakan mertua Dr. A.H. Nasution.

Museum POLRI merupakan museum khusus yang menjadi salah satu museum dengan konsep experience atau konsep yang memperbolehkan pengunjung untuk mengalami dan merasakan layaknya polisi. Pengunjung dapat menggunakan benda-benda atau alat transportasi yang digunakan oleh polisi. Di museum ini pengunjung dapat melihat sejarah terbentuknya Polisi Republik Indonesia (POLRI). Konsep polisi sudah digunakan pada masa Kerajaan Majapahit yang membentuk Pasukan Bhayangkara Andhika yang bertugas untuk menjaga keamanan kota dan Pasukan Bhayangkara Lelana yang bertugas menjaga keamanan daerah. Di masa VOC juga sudah dikenal konsep polisi yang menggunakan nama kaffers (penjaga penjahat), ratelwatch (penjaga malam), dan landdrost (penjaga luar Batavia).

Museum Prangko merupakan museum khusus yang didirikan pada 29 September 1983 atas gagasan Ibu Tien Soeharto saat acara pameran prangko yang diadakan oleh PT Pos Indonesia pada acara Jambore Pramuka Asia Pasifik Ke IV di Cibubur. Prangko merupakan hal penting dalam memberikan kebanggaan bagi bangsa karena hanya bangsa yang berdaulat dan merdeka yang diperbolehkan oleh Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) untuk menerbitkan prangko. Prangko menjadi salah satu bukti bahwa Indonesia diakui oleh dunia. Museum Prangko dibangun dengan tujuan mengenalkan fungsi dan sejarah prangko serta budaya surat menyurat.

Museum Satriamandala merupakan museum khusus yang didirikan untuk mengingat sejarah perjuangan Tentara Nasional Indonesia. Museum ini berada di Jalan Gatot Subroto, Jakarta Selatan. Museum ini diresmikan pada tahun 1972 oleh Presiden Republik Indonesia Ke-2, Soeharto, di museum ini terdapat beberapa koleksi berupa peralatan perang beberapa masa, mulai dari peralatan kuno hingga yang modern, seperti ranjau, rudal, torpedo, meriam, hingga tank. Selain memamerkan peralatan perang, di museum ini juga terdapat persenjataan berat dan ringan, panji-panji dalam ketentaraan, dan atribut ketentaraan. Selain itu, di museum ini juga terdapat tandu yang digunakan untuk membawa Jendral Sudirman saat sakit dan melakukan Perang Gerilya melawan Belanda pada tahun 1940-an.

Semula museum ini merupakan sebuah anjungan yang dibangun pada tahun 1979 dan diresmikan tanggal 20 April 1980 oleh Presiden Soeharto. Setelah Provinsi Timor Timur memisahkan diri dengan Negara Kesatuan Republik Indonesia, anjungan Timor Timur kemudian menjadi suatu monumen dan menjadi tanggungjawab Taman Mini Indonesia Indah (TMII). Sebagai monumen, anjungan Timor Timur kemudian berstatus museum di bawah pengelolaan Istana Anak-Anak Indonesia.