Museum Zoologi Bogor merupakan museum khusus yang didirikan pada 1894 atas gagasan dari J. C. Koningsberger dan diresmikan pada akhir Agustus 1901. Ia merupakan seorang ahli botani Belanda serta salah satu perintis berdirinya Kebun Raya Bogor. Koleksi dari museum ini hasil dari pengumpulan J.C. Koningsberger yang sebagian berasal dari wilayah Indonesia dan sisanya dari beberapa negara. Pada awalnya museum diberi nama Landbouw Zoologisch Museum, kemudian pada 1906 berganti menjadi Zoologisch Museum. Empat tahun kemudian berganti lagi menjadi Zoologisch Museum en Laboratorium, antara tahun 1945-1947 lebih dikenal sebagai Museum Zoologicum Bogoriense dan akhirnya berganti menjadi Museum Zoologi Bogor.

Gedung Museum Amerta Dirgantara Mandala Lanud Suryadarma merupakan Gedung peninggalan Belanda yang dibangun pada tahun 1917. Museum ini awalnya dibangun karena hobi dan pengetahuan yang dimiliki oleh Marsda TNI Ramli Sumardi terhadap pesawat-pesawat tua, kemudian muncul ide untuk melakukan perbaikan terhadap pesawat-pesawat yang sudah tua, dan kemudian dibangunlah living museum untuk menampung pesawat-pesawat tersebut.

Museum Bio Farma merupakan museum khusus yang diresmikan pada 17 Desember 2015 di kawasan bangunan bersejarah Bio Farma. Museum ini menceritakan tentang penemuan kesehatan, wabah yang terjadi sebelum vaksin ditemukan, serta peralatan yang digunakan sebelum Bio Farma ada.

Pada masa pendudukan Jepang, lembaga tersebut diubah menjadi Tisitutyosazyo yang merupakan bagian dari Laboratorium Paleontologi dan Kimia. Setelah Indonesia merdeka, pengelolaan Museum Geologi berada di bawah Pusat Djawatan Tambang dan Geologi. Museum Geologi kemudian menjadi Unit Pelaksana Teknis Museum Geologi di bawah Badan Geologi, Kementrian Energi dan Sumberdaya Mineral berdasarkan Peraturan Menteri Energi dan Sumberdaya Mineral Nomor 12 Tahun 2013. Museum Geologi diresmikan dan dibuka untuk umum pada 23 Agustus 2000 oleh Wakil Presiden Republik Indonesia, Megawati Soekarnoputri setelah mengalami renovasi pada beberapa bagiannya.

Museum Prabu Geusan Ulun merupakan museum khusus yang kemunculannya berawal dari terbentuknya Yayasan Pangeran Aria Suria Atmadja (YPSA) pada 1950, kemudian pada 1955 terjadi perubahan nama menjadi Yayasan Pangeran Sumedang (YPS). Yayasan ini bertugas untuk mengurus, memelihara, dan mengelola barang wakaf Kangdjeng Pangeran Aria Soeria Atmadja yang merupakan Bupati Sumedang tahun 1882-1919. Namun pada tahun 2017 para pembina Yayasan mencoba untuk menjalankan amanat yang diikrarkan oleh Pangeran Aria Soeria Atmadja, dan menyebabkan Yayasan terbagi dua dan Museum kini dikelola oleh Yayasan Nazhir Wakaf Pangeran Sumedang. Pada Seminar Sejarah Jawa Barat yang diadakan pada 7-13 Maret 1974 di Sumedang, para sesepuh yayasan dan Wargi Sumedang untuk memberi nama baru untuk museum. Maka pada 13 Maret 1974, secara resmi museum diberi nama Museum Prabu Geusan Ulun.

Museum Tanah merupakan museum khusus yang menyajikan informasi mengenai segala hal berkaitan dengan tanah, diantaranya sampel tanah dari berbagai wilayah di Indonesia dan proses survei serta pemetaan tanah. Museum ini didirikan atas kerjasama antara Kementerian Pertanian dan International Soil Regerence an Information Centre (ISRIC) Wageningen Belanda pada 29 September 1988.