Pendirian museum ini merupakan gagasan dari Prof. Drg. RG Indrayana (alm.) dan Prof. Ir. Moeso Soeryowinoto (alm.). Beliau berdua adalah Tenaga Pendidik (Dosen) Fakultas Biologi UGM. Awalnya, koleksi museum ini merupakan penggabungan dari koleksi Museum Zoologicum yang dikelola. Prof. Drg. RG Indrayana (alm.) dan koleksi Museum Herbarium yang dikelola Prof. Ir. Moeso Soeryowinoto (alm.). Sejak tahun 1956, kedua museum ini bersama-sama berada di bawah Fakultas Biologi, UGM, Yogyakarta yang kala itu masih bertempat di Ndalem Mangkubumen, Ngasem. Kondang dengan sebutan Fakultas “Kompleks Ngasem”. Pada perkembangan selanjutnya, atas prakarsa Dekan Fakultas Biologi, Ir. Suryo Adisewoyo (alm.), bertepatan dengan Dies Natalis Fakultas Biologi UGM, pada tanggal 20 September 1969, diresmikanlah Museum Biologi yang terletak di Jalan Sultan Agung No. 22, Kecamatan Mergangsan, Kotamadya Yogyakarta, Propinsi DIY. Peresmian dilakukan oleh Rektor Universitas Gadjah Mada, Prof. Dr. Soeroso H. Prawirohardjo, M.A. (Alm.). Museum Biologi UGM mulai dibuka untuk umum sejak 1 Januari 1970. Tahun 1969 – 2001, pengelolaan Museum Biologi ini berada di bawah tanggungjawab Drs. Anthon Sukahar sebagai ketua tim pelaksana sekaligus Kepala / Direktur Museum yang pertama. Kepala Museum selanjutnya adalah Tenaga Pendidik (Dosen) Fakultas Biologi UGM yang ditunjuk oleh Dekan Fakultas Biologi UGM melalui Surat Keputusan Dekan.

Pada suatu kesempatan Drs. Moh. Amir Sutaarga yang bertugas di Museum Nasional Jakarta, dan beliau adalah keluarga dekat Tamansiswa, bersedia datang ke Yogyakarta untuk memberikan pengetahuan dasar tentang permuseuman kepada Kepala museum Sonobudoyo, Kepala museum TNI AD, dan calon petugas museum Tamansiswa, yang dilaksanakan di Museum Perjuangan Yogyakarta. Pada tahun 1963 dibentuklah panitia pendiri Museum Tamansiswa yang terdiri dari: 1. Keluarga Ki Hadjar Dewantara. 2. Majelis Luhur Persatuan Tamansiswa. 3. Sejarawan. 4. Keluarga Besar Tamansiswa. Sampai pertengahan tahun 1969, rancangan adanya museum belum juga terwujud, walaupun sudah dinyatakan sebagai Dewantara Memorial. Pada tanggal 11 Oktober 1969 Ki Nayono menerima surat dari Nyi Hadjar Dewantara (pribadi). Dengan adanya surat tersebut, Ki Nayono tergugah untuk segera meminta perhatian kepada Majelis Luhur agar bekas tempat tinggal Ki Hadjar yang sudah dinyatakan sebagai Dewantara Memorial segera dijadikan museum. Pada tanggal 2 Mei 1970, bertepatan dengan hari Pendidikan Nasional, museum diresmikan dan dibuka untuk umum oleh Nyi Hadjar Dewantara sebagai Pemimpin Umum Tamansiswa. Museum diberi nama Dewantara Kirti Girya, nama tersebut pemberian dari bapak Hadiwijono seorang ahli bahasa Jawa. Adapun keterangannya sebagai berikut. Dewantara, diambil dari nama Ki Hadjar Dewantara, Kirti, artinya pekerjaan (bhs. Sansekerta) Griya, berarti rumah. Dengan demikian arti lengkapnya adalah Rumah yang berisi hasil kerja Ki Hadjar Dewantara. Peresmian museum ditandai dengan candrasengkala “Miyat Ngaluhur Trusing Budi” yang menunjukkan angka tahun 1902 (Çaka ) atau tanggal 2 Mei 1970 Masehi. Makna yang terkandung dalam sengkalan tersebut sama dengan makna dan tujuan memorial yakni, dengan melalui museum diharapkan para pengunjung khususnya generasi muda akan dapat mempelajari, memahami dan kemudian dapat mewujudkan nilai-nilai yang terkandung didalamnya, kedalam tata kehidupan berbangsa dan bernegara.

Prakarsa pembangunan Museum Sandi berawal dari keluhuran budi Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Sri Sultan Hamengkubuwono X yang berkeinginan untuk menempatkan koleksi persandian di Museum Perjuangan Yogyakarta. Hal tersebut disampaikan oleh Sri Sultan HB X saat menerima kunjungan widyakarya mahasiswa Sekolah Tinggi Sandi Negara (STSN) pada bulan Maret 2006. Tawaran tersebut disambut baik oleh Kepala Sandi Negara saat itu, Mayjend TNI Nachrowi Ramli yang kemudian membentuk Team Pengisian Museum Sandi yang dipimpin oleh Syahrul Mubarak, S.IP., M.M. Kegiatan pengisian Museum Sandi dimulai pertengahan tahun 2005, bersamaan dengan perencanaan pengembangan Monumen Sandi di Dusun Dukuh, Desa Purwoharjo, Kecamatan Samigaluh, Kabpaten Kulon Progo, Propinsi D.I Yogyakarta. Kegiatan tersebut sempat terhenti karena pada bulan Mei 2006 terjadi gempa bumi di sebagian daerah Yogyakarta yang juga merusak museum perjuangan, namun berkat komitmen dan dukungan dari semua pihak, museum perjuangan bisa direnovasi kembali dan museum sandi bisa diresmikan pada hari Selasa, 29 Juli 2008. Untuk meningkatkan pelayanan pada masyarakat yang berkunjung maka pada tanggal 29 Januari 2014 Museum Sandi menempati gedung baru di Jalan Faridan M Noto 21 Kotabaru Yogyakarta. Pembukaan secara resmi gedung baru tersebut dilakukan oleh Gubernur DIY HB X bersama Kepala Lembaga Sandi Negara. Mayjend TNI. Dr. Djoko Setiadi, M.Si. Pembentukan organisasi Museum Sandi telah mendapat persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara berdasarkan surat nomor B/25/M KT.01/2019 tanggal 8 Februari 2019 tentang Penataan Organisasi dan Tata Kerja Badan Siber dan Sandi Negara. Organisasi Museum Sandi diperkuat dengan adanya Peraturan Kepala Badan Siber dan Sandi Negara Nomor 3 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Museum Sandi.

th 2014 Diawali dari Ruang Garasi yang direnovasi ruang pamer 2 lantai dari Rumah Kediaman Tino Sidin di Jl. Tino SIdin 297, Kadipiro, Ngestiharjo, Kasihan, Bantul 55182. kemudian direvitalisasi Kemdikbud Direktorat PCBM dengan di perluas menjadi bangunan 2 lantai dan lantai ke 3 kecil untuk perpustakaan dan diresmkan oleh Mendikbud RI Bpk Prof.Muhadjir Effendi pada tanggal 14 Desember 2017.

Museum Ullen Sentalu didirikan oleh Keluarga Haryono dengan dukungan dari para sesepuh Dinasti Mataram yang bergabung dalam Yayasan Ulating Blencong Yogyakarta. Museum dibangun sejak akhir tahun 1980-an dan diresmikan pada 1 Maret 1997 oleh Gubernur DI Yogyakarta KGPAA Paku Alam VIII. Museum Ullen Sentalu dikelola oleh Yayasan Ulating Blencong Yogyakarta dan bermisi untuk merawat dan melestarikan seni dan budaya Jawa. Sejak peresmian hingga saat ini, Museum Ullen Sentalu masih dalam tahap pengembangan dan pembangunan untuk menjadi lembaga museum yang menjadi pusat studi sejarah, seni, dan budaya Jawa.

Museum Lukis Affandi pertama kali dirintis oleh Bapak Affandi, sebagai ruang pameran bagi sejumlah hasil karya lukisannya. Pembangunan gedung galeri pertama selesai pada tahun 1962. Bentuk dan rancangan Rumah Panggung dan galeri pertama dibuat oleh Bapak Affandi sendiri dan diilhami pada sebuah pelepah daun pisang yang memiliki filosofi tersendiri bagi Affandi. Affandi adalah putra ke-4 dari Ra Koesuma yang bekerja sebagai mantra ukur (juru gambar) di pabrik gula Jatiluhur Jawa Barat dengan istri keduanya Lajem yang dahulu merupakan gadis tercantik didesanya. Affandi adalah 5 bersaudara kakak pertama bernama Abu Bakar dan Kakak kedua Moh Subur (seorang insinyur) sedangkan kakak ketiga (perempuan) dan adik Affandi yaitu saudara yang ke 5 (perempuan) meninggal akibat penyakit cacar. Pada masa itu belum ada pengobatan atau vaksin seperti sekarang dan mereka yang sakit cacar hanya dibaringkan diatas daun pisang yang utuh kemudian ditutupi juga dengan daun pisang yang lain supaya terasa sejuk dan tidak dihinggapi lalat. Dari cerita inilah kemudian Affandi mempunyai ide untuk membuat atap – atap Museumnya mirip dengan pelepah daun pisang. Bangunan galeri pertama, dengan luas 314,6 m2, diresmikan oleh Direktur Jendral Kebudayaan Prof. Ida Bagus Mantra pada tahun 1974. Dan pada tahun 1987 Presiden Soeharto memberikan bantuan berupa pendirian sebuah bangunan galeri baru yang kedua dengan menempati area tanah seluas 351,5 m2, dan diresmikan oleh Mentri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. DR. Fuad Hasan pada tanggal 9 Juni 1988. Museum Affandi ini dikelola oleh Yayasan Affandi sejak tanggal 24 September 1984. Kemudian pada tahun 1997 Yayasan Affandi membangun sebuah galeri yang ke tiga guna melengkapi fasilitas dan sarana pendukung lainnya yaitu lantai I sebagai ruang pamer, lantai II sebagai perkantoran, ruang restorasi lukisan, ruang basement untuk gudang lukisan dan bangunan menara disampingnya sebagai sudut pandang melihat sungai Gajah Wong dan jalan raya dengan luas bangunan 153 m2, yang diresmikan pada tanggal 18 Mei 2000 oleh Sri Sultan Hamengku Buwana X.