Museum ini awalnya bernama Museum Kutai yang didirikan untuk memelihara benda peninggalan Kerajaan Kutai, dan merupakan bagian dari Pusat Kesenian dan Olahraga. Museum Kutai diresmikan pada 25 November 1971 oleh Pangdam IX Mulawarman 50 Kertiyo dan Gubernur Abdoel Wahab Sjahranie. Pada tanggal 18 Februari 1976, Museum Kutai diserahkan kepada Departemen Pendidikan dan Kebudayaan oleh Gubernur Kalimantan Timur Brigadir Jenderal, Abdok Wahab Syahrani yang diterima Direktorat Jenderal Kebudayaan Prof. Dr. Ida Bagus Mantra atas nama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan. Tahun 1979 Museum Kutai diganti nama menjadi Museum Negeri Mulawarman Provinsi Kalimantan Timur merupakan Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Kebudayaan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 093/0/1979 Tanggal 28 Mei 1979.

Museum Etnografi Sendawar merupakan museum pertama daerah Kabupaten Kutai Barat. Museum ini didirikan berdasarkan Peraturan Bupati Kutai Barat Nomor 06 Tahun 2010. Pada awalnya museum ini merupakan bagian dari Unit Pelaksanaan Teknis Dinas Kebudayaan Pariwisata, Pemuda, dan Olahraga Kabupaten Kutai Barat. Kemudian pada tahun 2016 dibentuk Unit Pelayanan Teknis Daerah.

Museum Sadurengas adalah museum daerah Kabupaten Paser. Museum ini menempati bekas Istana Kesultanan Paser yang ada di Kalimantan Timur. Museum Sadurengas menempati bangunan bekas tempat tinggal salah satu Sultan Paser, yaitu Aji Tenggara (1844-1873). Pada awal abad ke-20, rumah ini digunakan sebagai istana dari Sultan Ibrahim Khaliludin.

Museum Batiwakkal adalah museum yang didirikan atas prakarsa Aji Putri Nurhayati, Aji Putri Nural Aini dan Aji Putri Kannik Berau Sanipah Binti Sultan Achmad Maulana Muhammad Chalipatullah Jalaluddin serta Aji Iskandar Ayoeb bin Muhammad Ayoeb. Museum ini kemudian diresmikan pada 16 September 1992 dan diberi nama Museum Batiwakkal.

Museum Kayu Tuah Himba merupakan museum khusus yang berada di area Waduk Panji Sukarame, Kutai. Museum ini dibangun pada 1990-an dan menempati rumah panggung khas Kalimantan. Nama Museum Kayu Tuah Himba diambil dari semboyan Kota Tenggarong “Tuah Himba Untung Langging” berarti menjaga kekayaan hutan dan alam, maka manfaat yang diperoleh akan lancar. Museum ini didirikan sebagai langkah lanjutan terhadap penyimpanan dua buaya yang diawetkan disekitar area waduk. Buaya yang dijuluki monster dari Sangatta ini merupakan buaya muara yang sempat membuat ramai warga Kalimantan Timur pada 1996.