Sejarah Museum Provinsi Sulawesi Utara berawal dari diserahkannya sejumlah temuan benda-benda keramik oleh seorang anggota masyarakat dari Desa Rasi Kecamatan Ratahan Kabupaten Minahasa Tenggara yang bernama Bola Lensun pada tahun 1967. Dengan begitu banyak temuan benda-benda yang terkumpul, pemerintah dalam hal ini orda Dirjen Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan pada Pelita II tahun anggaran 1974 – 1977 melalui proyek pengembangan kebudayaan Provinsi Sulawesi Utara membuat tersedianya anggaran pembangunan museum seluas 1400 meter persegi. Pada tahun anggaran 1977 – 1978 lokasi pembangunan museum Negeri Provinsi Sulawesi Utara diperluas menjadi 11.048 meter persegi dan lokasinya terletak dipusat kota yaitu di jalan W.R. Supratman No. 72 Manado. Sejak tahun 1974 museum Negeri Provinsi Sulawesi Utara dikenal dengan nama museum persiapan resmi menjadi Museum Negeri Provinsi Sulawesi Utara.

Museum Perjuangan (Kodam VII Wirabuana) merupakan museum yang dikenal juga sebagai Museum Perjuangan. Museum ini diresmikan pada tanggal 27 Februari 1979 oleh Panglima Brigjen TNI Rudini.

Museum Anti Narkoba (Wale Anti Narkoba) merupakan museum yang pembangunannya dilatarbelakangi dengan semakin tingginya jumlah penyalahgunaan Narkoba di Indonesia, termasuk di Sulawesi Utara (Sulut). Ketua Umum Yayasan Institut Seni Budaya Sulawesi Utara (YISBSU), Irjen. Pol. (P) Dr. Benny J Mamoto (Mantan Deputi bidang Pemberantasan BNN) menginisasi pendirian Wale Anti Narkoba (WAN) pada tanggal 26 Februari 2014. Kata Wale sendiri berarti rumah dalam bahasa Minahasa, Sulawesi Utara. WAN adalah museum bertemakan informasi Narkoba pertama kali di Indonesia. Lebih tepatnya, WAN adalah media pendidikan bagaimana mencegah serta memberantas penyalahgunaan dan peredaran gelap Narkoba, yang berisi data dan informasi komprehensif dengan menggunakan multi raga. Lokasi museum WAN bertempat di dalam Kompleks Pusat Kebudayaan Sulawesi Utara (Pa’dior), Jl. Pinabetengan, Tompaso-Minahasa Sulawesi Utara. Di dalam kompleks ini juga terdapat beberapa museum lainnya, seperti Museum Pinawentengan, Museum Rekor, Museum Tenun, dan lain-lain.