Awalnya koleksi museum berada di bangunan kedaton. Sejak 1981, pengelolaan bangunan diserahkan kepada Departemen Pendidikan dan Kebudayaan meskipun dalam kesehariannya masih digunakan sebagai kediaman Sultan. Museum diresmikan pada 1982 oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Dr. Daoed Joesoef sebagai Memorial Kedaton Sultan Ternate setelah dilakukan pemugaran.