Museum Negeri Provinsi Papua mulai didirikan pada tahun 1981 hingga 1982. Gedung museum diresmikan pada 23 Oktober 1990 oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Prof. Dr. Fuad Hassan, untuk struktur organisasi dan tata kerja berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud Nomor 001/O/1991 Tanggal 9 Januari 1991.

Museum Loka Budaya merupakan museum yang didirikan pada 1970 dan diresmikan oleh Prof. Dr.Ida Bagus Mantra pada 1 Oktober 1973. Museum ini berada di bawah Lembaga Antropologi Universitas Cendrawasih. Akan tetapi, dengan diberlakukannya Peraturan Pemerintah Nomor 5 Tahun 1980 tentang Penataan Organisasi Perguruan Tinggi/ Institut Negeri, maka Lembaga Antropologi khususnya bagian penelitian dilebur menjadi Pusat Penelitian Universitas Cendrawasih. Sedangkan Museum Loka Budaya tidak tertampung dalam struktur unit lainnya. Oleh sebab itu, pada tahun 1990 dikeluarkan Surat Keputusan Rektor Tanggal 4 Juli 1990 No: 1698/PT.23.H/C/1990, yang menjadikan Museum Loka Budaya sebagai Unit Pengelola Teknis berada dibawah pengawasan Rektor Universitas Cendrawasih.