Museum Provinsi Kalimantan Barat merupakan museum umum yang dirintis sejak tahun 1974 oleh Kantor Wilayah Departemen Pedidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat melalui Proyek Rehabilitasi dan Perluasan Permuseuman Kalimatan Barat. Fungsionalisasinya diresmikan pada tanggal 4 Oktober 1983 oleh Direktur Jenderal Kebudayaan Departemen Pedidikan dan Kebudayaan. Sejak itu UPT. Museum Provinsi Kalimantan Barat dibuka untuk umum. Kelembagaan museum diresmikan pada tanggal 2 April 1988 oleh Sekretaris Jenderal Departemen Pedidikan dan Kebudayaan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 0754/0/1987 tanggal 2 Desember 1987. Sejak saat itu Museum Negeri Provinsi Kalimantan Barat menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) Kantor Wilayah Departemen Pedidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat. Pada tahun 1991 Museum ini menjadi Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Kebudayaan Departemen Pedidikan dan Kebudayaan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor: 001/0/1991 tanggal 9 Januari 1991. Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Provinsi sebagai Daerah Otonom (Lembar Negara RI Nomor 3952) dan Keputusan Gubernur Kalimantan Barat Nomor 365 Tahun 2001, Museum Provinsi Kalimantan Barat merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT) Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi Kalimantan Barat, yang merupakan unsur pelaksana operasional Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi Kalimantan Barat. Kemudian berdasarkan Peraturan Gubernur Kalimantan Barat Nomor 20 Tahun 2013 tentang Perubahan atas peraturan Gubernur Nomor 19 tahun 2009 Tentang Pembentukan Susunan Organisasi dan Tata Kerja Unit Museum Provinsi Kalimantan Barat, maka Museum merupakan unsur pelaksana operasional Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Kalimantan Barat.

Pada masa pendudukan Belanda bangunan museum bahari adalah gudang yang berfungsi untuk menyimpan, memilih dan mengepak hasil bumi, seperti rempah-rempah yang merupakan komoditi utama VOC yang sangat laris di pasaran Eropa. Bangunan yang berdiri persis di samping muara Ci Liwung ini memiliki dua sisi, sisi barat dikenal dengan sebutan Westzijdsche Pakhuizen atau Gudang Barat (dibangun secara bertahap mulai tahun 1652-1771) dan sisi timur, disebut Oostzijdsche Pakhuizen atau Gudang Timur. Gudang barat terdiri dari empat unit bangunan, dan tiga unit di antaranya yang sekarang digunakan sebagai Museum Bahari. Gedung ini awalnya digunakan untuk menyimpan barang dagangan utama VOC di Nusantara, yaitu rempah, kopi, teh, tembaga, timah, dan tekstil. Pada masa pendudukan Jepang, gedung-gedung ini dipakai sebagai tempat menyimpan barang logistik tentara Jepang. Setelah Indonesia Merdeka, bangunan ini dipakai oleh PLN dan PTT untuk gudang. Sementara Menara Syahbandar (Uitkijk) dibangun sekitar tahun 1839, dan awalnya berfungsi sebagai menara pemantau bagi kapal-kapal yang keluar-masuk Kota Batavia lewat jalur laut serta berfungsi kantor "pabean" yakni mengumpulkan pajak atas barang-barang yang dibongkar di pelabuhan Sunda Kelapa. Tahun 1976, bangunan cagar budaya ini dipugar kembali, dan kemudian pada 7 Juli 1977 diresmikan sebagai Museum Bahari. Pada tahun 2015 Unit Pengelola Teknis (UPT) Museum Bahri digabung dengan UPT Taman Arkeologi Onrust dan Situs Marunda untuk kemudian dibentuk menjadi Unit Pengelola (UP) Museum Kebaharian Jakarta, berdasarkan Pergub No. 295 tahun 2014 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Unit Pengelola Museum Kebaharian Jakarta

Rumah Adat Muna dibangun pada tahun 2017 dengan menggunakan Dana Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah. Peresmian Rumah Adat Muna dilakukan pada Desember 2017 oleh Plt. Gubernur Sulawesi Tenggara H.M Saleh Lasata bersama Bupati Muna L.M Rusman Emba,ST dan Pengurus Lembaga Adat Muna. Museum Bharugano Wuna dibentuk berdasarkan Peraturan Bupati Muna Nomor 27 Tahun 2018 tertanggal 14 Mei 2018 tentang Pembentukan, Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Dinas ( UPTD ) Museum dan Taman Budaya pada Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Muna. Rumah Adat Muna tersebut digunakan sebagai Museum dan Taman Budaya.