Museum R.A. Kartini Rembang merupakan museum khusus yang didirikan pada 21 April 1967. Museum RA Kartini Rembang terletak di Jl. Gatot Subroto No.8, Rembang. Bangunan yang didominasi warna hijau putih ini menyimpan koleksi barang pribadi milik R.A. Kartini, seperti tempat tidur, bathub pribadi, tempat jamu, meja makan, mesin jahit, lesung, cermin rias dan juga meja untuk merawat bayi. Di sana juga terdapat ruang yang berisi berbagai karya dari pahlawan nasional itu, diantaranya adalah buku “Habis Gelap Terbitlah Terang”, tulisan tangan surat-surat R.A. Kartini yang dikirimkan ke teman-temannya di luar negeri dan lukisan karyanya serta foto-foto dirinya beserta keluarga semasa ia hidup. Koleksi unggulan museum ini adalah tulisan Kartini “Kongso Adu Jago”.

Museum Situs Patiayam merupakan museum khusus yang menampung temuan dari daerah situs Patiayam. Museum ini menginformasikan mengenai kehidupan manusia beserta lingkungannya pada masa Plestosen. Museum ini mulai didirikan pada tahun 2004. Museum Situs Patiayam memiliki koleksi berjumlah 99 yang ditampilkan pada display. Jenis temuan berupa hewan purba kurang lebih 6230 fragmen terdiri dari spesien hewan laut, air tawar dan darat. Temuan teridentifikasi mencapai 3500 fragmen yang dilakukan oleh balai arkeologi Jogjakarta dan BPSMP Sangiran.

Museum H. Widayat dibangun tahun 1991 dan diresmikan pada tanggal 30 April 1994 oleh Prof. Dr. Ing. Wardiman Djojonegoro, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia. Pada tahun 2014, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan melalui Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuman melakukan revitalisasi museum meliputi perencanaan, pelaksanaan, perbaikan sarana dan prasarana, perbaikan pigura berbagai lukisan yang menjadi koleksi museum, dan pengawasan. Dengan kegiatan revitalisasi ini diharapkan meningkatkan jumlah pengunjung museum sehingga semakin banyak yang mengenal dan mengapresiasi karya-karya H. Widayat. Selain itu, kehadiran museum diharapkan memicu perkembangan seni secara khusus seni lukis.Koleksi yang dipamerkan di museum ini terdiri dari lukisan, patung, dan keramik. Terdapat beberapa koleksi unggulan museum seperti Raja Sulaeman dan Binatang-binatang, Kapal Nabi Nuh Mendarat, Ratu Rimba, dan Tawaf di Masjidil Haram.

Museum yang berada di belakang makam ini didirikan pada 16 Mei 2016 atas bantuan Bapak Dasir. Ide pendirian museum berasal dari keberadaan barang-barang milik Syeh Djangkung yang dikumpulkan di samping makam. Salah satu barang yang dikumpulkan berupa Batu Bancik Wudhu (batu alas kaki Syeh Djangkung ketika wudhu). Museum ini diharapkan dapat memberikan pengetahuan kepada pengunjung yang datang berziarah ke makam tersebut. Museum saat ini dimiliki dan dikelola oleh Yayasan Syeh Djangkung Landoh Kayeb.

Museum Masjid Agung Demak merupakan museum khusus yang didirikan untuk menjaga peninggalan dari Masjid Agung Demak, Museum ini berada di sebelah utara serambi Masjid Agung Demak. Peninggalan Masjid Agung Demak yang menjadi koleksi museum ini berjumlah 60, beberapa diantaranya adalah miniatur Masjid Demak, saka guru/ tiang penyangga masjid, dan pintu bledeg Ki Ageng Selo. Hal yang unik dari museum ini adalah adanya saka guru sebagai penyangga masjid, salah satu saka guru tersebut merupakan buatan Sunan Kalijaga. Saka guru tersebut dibuat dari serpihan-serpihan kayu yang dipadatkan yang kemudian dikenal sebagai saka tatal. Saka tatal mengandung makna simbolis sebagai bentuk kedekatan Sunan Kalijaga dengan rakyat kecil. Pengelolaan museum ini dipegang oleh Masjid Agung Demak.

Di dalam Keputusan Gubernur Jawa Tengah Nomor 432.1.05/106/2005 tanggal 16 Desember 2005 tentang pembentukan tim Museum Masjid Agung Jawa Tengah, yang diperbaharui dengan keputusan Gubernur Jawa Tengah, Nomor 432.105/5/2006 tanggal 8 Februari. Museum Perkembangan Islam Jawa Tengah merupakan museum khusus yang berada di Semarang, Jawa Tengah, berlokasi di lantai 2 dan 3 Menara Asmaul Husna, Masjid Agung Jawa Tengah, Semarang. Museum ini berada di bawah kepemilikan Masjid Agung Jawa Tengah dan pengelolaan Dewan Pengurus Pusat (DPP) Masjid Agung Jawa Tengah. Museum ini mengoleksi peninggalan sejarah masa Islam dari berbagai daerah di Jawa Tengah. Koleksi museum berupa iluminasi Al-Quran, wayang golek Menak, wayang Sadat, Gayor Masjid Sunan Muria, keramik, dan beberapa koleksi lainnya. Museum ini juga menampilkan hubungan pesantren dengan nasionalisme melawan penjajah, seperti tulisan tokoh yang ditahan selama masa penjajahan dan pakaian santri masa penjajahan. Koleksi unggulan dari museum ini adalah pedang prajurit Diponegoro, maket Masjid Agung Jawa Tengah, gamelan, dan artefak kapal dagang.