Museum Manusa Yadnya merupakan museum khusus yang pendiriannya sudah dirintis sejak tahun 1974 yang merupakan bagian dari pembangunan Mandala Wisata Mengwi. Pada tahun 1979 dengan memanfaatkan beberapa gedung Mandala Wisata, dibukalah Museum Manusa Yadnya yang bertujuan untuk menyelamatkan benda budaya Bali yang berhubungan dengan upacara daur hidup. Museum berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kabupaten Badung dan dikelola oleh UPT Museum Yadnya. Pada tahun 2006 museum ini direvitalisasi dan resmi dibuka dengan memamerkan koleksi peralatan upacara Pitra Yadnya yang meliputi upacara Ngaben dan Memukur. Aneka perangkat yang digunakan dalam ritual-ritual keagamaan yang disebut panca yadnya. Secara sederhana, panca yadnya dapat diartikan sebagai persembahan suci dalam lima dimensi spiritual Hindu.

Warisan budaya Bangsa Indonesia sangat beragam, baik berupa peninggalan fisik maupun nonfisik. Salah satu peninggalan yang cukup penting adalah prasasti berbahan daun lontar. Prasasti berbahan daun lontar ini banyak ditemui di daerah Bali dan Lombok. Sampai saat ini masih terpelihara dengan baik walaupun sudah berkurang jumlahnya akibat rusak termakan usia. Saat ini institusi yang masih melindungi dan melestarikan lontar adalah UPTD Gedong Kirtya. Berbicara Gedong Kirtya tidak lepas dari jasa dua orang Belanda yakni F.A. Liefrienck dan Der. Van Der Tuuk yang telah mempelopori penelitian kebudayaan, adat istiadat dan bahasa di Bali. Ketertarikan mempelajari budaya Bali dan Lombok ini akhirnya ditindaklanjuti oleh LJJ Caron, Dr. ER Ng Purbacaraka, Dr. WR. Stuterheim, Dr. R Goris, Dr. Th Pigand, Dr. C Hooykaas dengan membuat pertemuan di Kintamani, dari hasil pertemuan ini lahirlah sebuah yayasan (stiching) yang menitikberatkan kegiatan untuk penyimpanan lontar dan kegiatan ini dibantu oleh para pinandita dan raja-raja sebali. Yayasan ini dapat dianggap sebagai miniatur asiatic society untuk daerah Bali dan Lombok karena banyak memiliki koleksi serta penerbitan-penerbitan berkala dari sarjana-sarjana yang mengadakan riset tentang seluk beluk mengenai Bali. Yayasan ini memiliki gedung sebagai tempat untuk melakukan aktivitas kegiatan mereka yang didirikan pada tanggal 2 Juni 1928. Gedung ini dinamakan Stiching Liefrinck Van Der Tuuk. Tetapi atas saran Raja Buleleng I Gusti Putu Djelantik, nama Gedung ini dtambah dengan Bahasa sansekerta-Bali KIRTYA. Sehingga menjadi Kirtya LIefrinck Van Der Tuuk. Dan mulai dibuka untuk umum pada tanggal 14 September 1928 atau 1850 Saka sesuai yang diperlihatkan monogram atau Candra Sengkala yang dipahat pada pintu masuk (Paduraksa). Paduraksa tersebut bergambar manusia yang menaiki gajah dengan busur panah ditangannya, kemudian membunuh musuhnya dan orang yang kena panah itu mati. Nilai yang terkandung dari masing-masing gambar sebagai berikut: Manusia (1), Gajah (8), Panah (5), Orang Mati (0), jadi jika dibaca tahun isakanya menjadi 1850.

Museum Manusia Purba Gilimanuk merupakan museum yang memamerkan temuan dari Situs Purbakala Gilimanuk. Situs Purbakala Gilimanuk ditemukan pada tahun 1962, yaitu dengan ditemukan berbagai peninggalan ketika pembuatan jalan dari hutan Cekik menuju Singaraja. Temuan-temuan tersebut dapat dikatakan bersifat arkeologis setelah dilaksanakannya tes menggunakan Radio Carbon Dating yang menunjukan bahwa Situs Purbakala Gilimanuk telah terdapat kehidupan Manusia Purba. Dari kegiatan ekskavasi pertama yang dilaksanakan mulai tahun 1963 yang dipimpin oleh Prof.Dr. R. P. Soejono, sampai terakhir tahun 2013 terkumpul hampir 140-an set rangka manusia beserta berbagai macam bekal kuburnya.

Museum Pasifika merupakan museum khusus yang didirikan pada tahun 2006, merupakan museum yang bertujuan menyajikan karya seni Bali dan Indonesia, serta kawasan Asia-Pasifik. Museum ini awalnya didirikan sebagai “Asia Pasific Art Center” pada tahun 2004 dan pada tahun 2006 menjadi Museum Pasifika.

Museum Puri Lukisan merupakan museum yang dirintis oleh Rudolf Bonnet. Pada tahun 1936, Rudolf Bonnet bersama dengan Tjokorda Gde Agung Sukawati dan Tjokorda Gde Raka Sukawati mendirikan yayasan bernama Pita Maha. Selanjutnya pada tahun 1953 didirikan Yayasan Ratna Wartha yang berupaya mempertahankan idealism “Pita Maha”. Pada masa itu direncanakan pembangunan museum seni Bali modern yang didesain oleh Rudolf Bonnet dengan nama “Puri Lukisan”. Peletakan batu pertama pembangunan museum dilakukan oleh Perdana Menteri Ali Sastroamidjoyo. Museum Puri Lukisan diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Mohammad Yamin pada 31 Januari 1956.

Museum Rudana merupakan museum yang didirikan oleh Nyoman Rudana dan Wayan Olastini sebagai wujud bakti kepada nusa bangsa dan persembahan menyambut 50 tahun Indonesia merdeka. Pengelolaan museum dilakukan oleh Yayasan Seni Rudana. Museum ini diresmikan pada Selasa, 26 Desember 1995 oleh Presiden Soeharto. Berbagai karya seni lukis dan seni patung dipamerkan dalam museum ini, baik karya seniman Bali, seniman Indonesia di luar Bali maupun seniman asing. Penataan karya seninya selalu diupayakan agar mencerminkan nilai-nilai tata ruang, nilai estetis yang harmonis dan selaras dengan konsep filosofi Bali.