Perintisan pendirian Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dimulai pada 1977/1978, dibiayai oleh Proyek Pelita - Bidang Kebudayaan. Secara teknis, proyek perintisan pendirian Museum ditangani oleh Bidang Permuseuman Sejarah dan Kepurbakalaan – Kanwil Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Nusa Tenggara Timur. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia No.01/1991 tanggal 9 Januari 1991 yang menyatakan secara resmi pendirian Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dengan status Unit Pelaksana Teknis (UPT) Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur di bawah Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan RI.Pada Tahun 2000, sebagai bentuk pelaksanaan UU No. 22 Tahun 1999 Tentang Pemerintah Daerah, status UPT Museum Negeri Provinsi NTT menjadi UPT Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang pengelolaannya berada di bawah tanggung jawab Kanwil Pendidikan dan Kebudayaan Pemerintah Daerah Provinsi NTT. Berdasarkan Peraturan Pemerintah No.41 Tahun 2007, UPTD Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur dialihkan ke Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Prov.NTT. Pada Tahun 2014, urusan kebudayaan digabungkan dengan pendidikan, sehingga Museum Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur menjadi UPT Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi NTT. Pada 1 Januari 2017, UPTD Museum NTT berganti nomenklatur menjadi Bidang Kepurbakalaan dan Permuseuman pada Dinas Kebudayaan Provinsi NTT dan Pada Tahun 2020 terjadi perubahan Nomenklatur menjadi UPTD Museum NTT Dinas Pendidikan Dan Kebudayaan Provinsi Nusa Tenggara Timur

Museum 1000 Moko merupakan museum khusus yang didirikan atas inisiatif Pemerintah Daerah Kabupaten Alor yang dimulai pada 2003. Museum ini diresmikan oleh Piet A. Tallo, Gubernur Nusa Tenggara Timur pada 4 Mei 2004. Penamaan Museum 1000 Moko menandakan bahwa Alor memiliki banyak Moko dan Moko merupakan warisan leluhur yang harus dilestarikan oleh generasi selanjutnya. Selain itu angka 1000 menunjukkan pada keanekaragaman potensi yang dimiliki Kabupaten Alor baik itu dari aspek sumber daya alam dan aspek kebudayaan yang masih terus dilestarikan oleh masyarakat Alor.

Museum Daerah Dr. (H.C) Oemboe Hina Kapita merupakan museum umum Daerah Sumba Timur. Museum ini diresmikan pada tahun 2007 oleh Ir. Umbu Mehang Kunda, Bupati Sumba Timur. Nama museum berasal dari nama tokoh Sumba yaitu Dr. Oemboe Hina Kapita yang telah menulis banyak buku mengenai Sumba seperti buku Sumba dalam Jangkauan Zaman, Lindai, Kamus Sumba-Indonesia Belanda, Lawiti Luluku Humba Pola Peribahasa Sumba, Tata Bahasa Sumba dalam Dialek Kambera, dan Lii Matua. Ia juga mendapatkan gelar doktor honoris causa dari Universitas Leiden, Belanda.

Jika dilihat dari penemuan dan penggalian yang dilakukan untuk menghimpun koleksi, museum didirikan pada 1965 oleh Pater Dr. Verhoeven SVD di Todabelu/Mataloko, Kabupaten Ngada, Flores. Sedangkan jika didasarkan pada penataan dan pengelolaan koleksi secara sistematis dan ilmiah di dalam sebuah gedung, maka museum didirikan pada 1983 oleh Pater Drs. Piet Petu SVD di Ledalero-Maumere, Kabupaten Sikka, Flores. Saat ini kepemilikan dan pengelolaan dipegang oleh Seminari Tinggi St. Paulus Ledalero. Nama museum berasal dari kata Bikon yang berarti Lampau dan Blewut yang artinya Rusak, sehingga Bikon Blewut diartikan sebagai sisa-sisa peninggalan masa lampau. Segala kekayaan nilai budaya, sejarah, dan ilmu pengetahuan yang terkandung di dalam koleksi-koleksi museum merupakan hasil karya akademisi dan arkeolog dari para misionaris SVD pertama asal Belanda, yaitu Dr. Verhoeven SVD dkk, serta para imam SVD.