Pada mulanya koleksi Museum Pusaka merupakan hibah dari Ibu Dra. Sri Lestari Masagung (Museum Tosan Aji) di jalan Kwitang No. 13 Jakarta Pusat. Hibah koleksi diberikan kepada Ibu Hj. Siti Hartinah Soeharto selaku Ketua Yayasan Harapan Kita atau Badan Pengelola dan Pengembangan Taman Mini “Indonesia Indah” (BPP-TMII). Proyek pembangunan Museum Pusaka dimulai pada bulan Juli tahun 1992 dan diresmikan pada tanggal 20 April 1993 oleh Presiden Republik Indonesia Bapak H.M. Soeharto.

Gedung ini menjadi sangat penting artinya bagi bangsa Indonesia karena pada tanggal 16-17 Agustus 1945 terjadi peristiwa sejarah, yaitu perumusan naskah proklamasi bangsa Indonesia. Oleh karena itu pada tahun 1984, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Nugroho Notosusanto, menginstruksikan kepada Direktorat Permuseuman agar merealisasikan gedung bersejarah ini menjadi Museum Perumusan Naskah Proklamasi. Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0476/1992 tanggal 24 Nopember 1992, gedung yang terletak di Jalan Imam Bonjol No. 1 ditetapkan sebagai Museum Perumusan Naskah Proklamasi, yaitu sebagai Unit Pelaksana Teknis di bidang Kebudayaan dibawah Direktorat Jenderal Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Tantangan yang dihadapkan oleh museum khusus yaitu penggalian informasi yang terbatas dari suatu peristiwa atau tokoh yang bersangkutan dengan museum tersebut. Oleh karena diperlukan upaya-upaya agar eksistensi Museum Perumusan Naskah Proklamasi tetap ada.

Museum serangga diresmikan pada 20 april 1993 oleh bapak presiden soeharto yang terletak di tmii dengan 250 jenis kupu kupu, 200 jenis kumbang dan 150 jenis serangga lain nya

Museum Anatomi Unika Atmajaya merupakan museum khusus yang diresmikan pada 5 Juni 1995 oleh Ketua Yayasan Atma Jaya, Prof. Dr. H. E. Harimurti Kridalaksana bersamaan dengan Lustrum ke-35 Unika Atma Jaya dan diberkati oleh Romo F.X. Krismanto. Berdirinya Museum Anatomi Unika Atmajaya diprakarsai oleh dr. Liliana Sugiharto, MS. PAK (K), beliau belajar dari Museum Anatomi Katholieke Universiteit Nijmegen (KUN) di bawah supervisi Dr.L.M.G. Geeraedts. Pada tahun 2014, Museum Anatomi Unika Atmajaya mengalami renovasi dan diberkati oleh Ketua Dewan Pembina Yayasan Atma Jaya sekaligus Uskup Agung Jakarta, Mgr. Ignatius Suharyo.

Monumen Nasional dibangun pada masa pemerintahan Presiden Soekarno, mulai 17 Agustus 1961 dan resmi dibuka untuk umum pada 12 Juli 1975. Desain Monumen Nasional dibuat oleh arsitek R. M. Soedarsono berdasarkan konsep yang diinginkan Presiden Soekarno. Monumen ini menjadi pusat dari Lapangan Merdeka karena letaknya yang berada tepat di bagian tengah. Monumen Nasional berbentuk obelisk dengan obor api yang memiliki tinggi keseluruhan 132 m.

Museum Al-Qur’an “PTIQ” merupakan bagian dari Unit Lembaga yang ada di Institut PTIQ Jakarta. Didirikan pada 24 Juli 1971 M. / 29 Rajab 1391 H. Pengelolaan Museum Al-Qur’an, awalnya dikelola langsung dibawah koordinasi Badan Eksekutif Yayasan Pendidikan Al-Qur’an (YPA), dan sejak tahun 1988 diserahkan kepada Institut PTIQ Jakarta. Pendirian awal Museum Al-Qur’an dilakukan secara bertahap dan berawal dari koleksi pribadi pengurus dan pendiri Yayasan Pendidikan Al-Qur’an (YPA) yang berlokasi di Jalan Gunawarman No. 25 Kebayoran Baru Jakarta Selatan. Secara formal Museum Al-Qur’an “PTIQ” diresmikan berbarengan dengan keberadaan Perpustakaan Institut PTIQ Jakarta setelah menempati gedung bantuan Pemerintah DKI Jakarta yang diresmikan oleh Wakil Presiden H. Adam Malik pada Sabtu, 19 Februari 1983 yang berlokasi di Jl. Batan I / 2 LebakBulus, Cilandak, Jakarta Selatan.