Museum Umum Daerah “Mandhilaras” Kabupaten Pamekasan merupakan museum khusus yang didirikan di Kabupaten Pamekasan pada 2010. Nama Mandhilaras diambil dari cerita setempat yang menceritakan cikal bakal berdirinya Kabupaten Pamekasan, yaitu ketika Panembahan Ronggo Sukowati memindahkan pusat pemerintahan dari Keraton Labangan Daja ke Keraton Mandhilaras. Hadirnya museum ini diharapkan agar masyarakat mengenal lebih dalam tentang sejarah Kabupaten Pamekasan, dan menghormati sejarah daerah setempat. Namun pada kenyatannya museum ini terkesan tidak terawat, kumuh, dan kusam, selain itu berdirinya ini juga kurang mendapat perhatian dari masyarakat, ada yang pro dan kontra dengan adanya museum ini. Museum Mandhilaras menempati gedung yang dibangun pada 1918 oleh Belanda sebagai taman bermain atau fasilitas umum, kemudian menjadi perpustakaan kabupaten pada tahun 1980. Selanjutnya pada tahun 2009 gedung digunakan sebagai museum. Museum ini milik Pemerintah Kabupaten Pamekasan dan saat ini dikelola oleh Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Pamekasan. Koleksi yang pamerkan di museum ini adalah senjata, peralatan rumah tangga, fosil, numismatika, dan diorama. Koleksi unggulan museum adalah kitab daun lontar dan AL-Quran peninggalan Ki Aryo Menak Sonoyo, serta Pusaka Raden Aryo Menak Sonoyo.

Museum Gedung Perundingan Linggarjati merupakan museum khusus yang menjadi tempat perundingan pertama antara Republik Indonesia dengan Belanda pada tanggal 11 – 13 November 1946. Dalam perundingan itu Pemerintah Republik Indonesia diwakili oleh Perdana Menteri Sutan Syahrir, sedangkan pemerintah Kerajaan Belanda diwakili oleh Dr. Van Boer. Sementara yang menjadi pihak penengah adalah Lord Killearn, Wakil Kerajaan Inggris.

Kemunculan Museum Cakraningrat pada awalnya diprakarsai oleh Pemerintah Daerah dan pemerhati budaya untuk mengumpulkan kembali benda dan dokumen Keraton Bangkalan yang tersebar di berbagai pihak. Benda dan dokumen tersebut kemudian dikumpulkan di kompleks Pemakaman Raja-Raja Bangkalan “Pesarean Aer Mata”. Tahun 1975 koleksi tersebut dipindahkan ke sebuah gedung di kompleks Pendopo Agung Bangkalan dan resmi diurus oleh pemerintah daerah. Secara resmi bangunan tersebut ditetapkan sebagai museum dengan nama “Museum Daerah Tk. II Bangkalan”. Untuk meningkatkan apresiasi masyarakat umum terhadap koleksi bersejarah tersebut, maka museum dipindahkan ke gedung baru yang lebih representatif seperti saat ini dan diresmikan pada 13 Maret 2008. Selain jenis koleksi filologika dan historika, museum juga memiliki koleksi etnografika. Saat ini kepemilikan museum dipegang oleh Pemerintah Kabupaten Bangkalan dan dikelola oleh Dinas Pemuda, Olahraga, Kebudayaan, dan Pariwisata Kabupaten Bangkalan.

Museum ini menempati bangunan yang ada di dalam kompleks Keraton Sumenep. Keraton Sumenep atau keraton Panembahan Sumolo dibangun pada 1762, pada masa pemerintahan Panembahan Sumolo I atau Tumenggung Arya Nata Kusuma. Arsitek keraton ini berkebangsaan Cina, bernama Louw Phia Ngo. Ia memadukan gaya arsitektur Islam, Eropa, Cina, dan Jawa. Museum ini berada di bawah kepemilikan Dinas Kebudayaan, Pariwisata, Pemuda, dan Olahraga Kabupaten Sumenep dan dikelola oleh Unit Pelaksana Teknis (UPT) Museum Keraton Sumenep.

Museum Airlangga diresmikan pada tahun 1992. Koleksi museum ini awalnya berasal dari penampungan Benda Cagar Budaya di Alun-alun Kediri. Pada tahun 1951 paseban alun-alun dibongkar sehingga koleksi cagar budayanya dipindahkan ke Pemandian Kuak atau Pemandian Tirtoyoso. Pada 1982 penampungan cagar budaya di Pemandian Tirtoyoso dikukuhkan sebagai Musem Daerah dengan nama Museum Tirtoyoso. Dalam perkembangannya, didirikanlah museum baru yang sekarang dikenal sebagai Museum Airlangga. Pemindahan koleksi benda cagar budaya dari Museum Tirtoyoso ke Museum Airlangga dilakukan sejak 20 November 1991 hingga 31 Desember 1991. Pemindahan tersebut didasari oleh RIK No.2/1982 yang menyatakan bahwa objek pariwisata dikembangkan ke arah barat Sungai Brantas dan berada di bawah tanggung jawab Dinas Kebudayaan, Pariwisata, Kepemudaan, dan Olahraga Kota Kediri. Museum Airlangga memiliki koleksi berupa arca dewa, prasasti, relief manusia, gentong batu, dan lain-lain. Koleksi unggulan dari museum ini yaitu jambangan batu yang diperkirakan pada masa lalu berguna sebagai tempat penampungan air suci. Koleksi-koleksi tersebut diharapkan dapat memberikan gambaran kepada pengunjung mengenai sejarah Kota Kediri.

Museum Daerah Kabupaten Sambas merupakan museum khusus pengganti dari Museum Negeri Perjuangan Sambas yang gedungnya diambil kembali oleh ahli warisnya. Kemudian dibentuklah museum baru yang letaknya di bekas rumah Bupati Sambas dengan koleksi yang berasal dari Museum Negeri Perjuangan Sambas. Gedung museum yang sekarang merupakan bekas kantor Wakil Residen Belanda yang dibangun pada tahun 1881 setelah jaman kemerdekaan gedung tersebut berfungsi sebagai kantor dan rumah dinas Wedana Sambas, rumah dinas Camat Sambas, Rumah dinas Pembantu Bupati Sambas setelah ibukota berpindah ke Sambas pada tahun 1999 maka rumah tersebut dijadikan sebagai rumah dinas Bupati Sambas. Sekarang sebagian dari rumah tersebut dijadikan sebagai Museum Daerah Kabupaten Sambas.