Museum Negeri Provinsi Papua mulai didirikan pada tahun 1981 hingga 1982. Gedung museum diresmikan pada 23 Oktober 1990 oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Prof. Dr. Fuad Hassan, untuk struktur organisasi dan tata kerja berdasarkan Surat Keputusan Mendikbud Nomor 001/O/1991 Tanggal 9 Januari 1991.

Museum Rajekwesi merupakan museum umum yang didirikan pada 1992 di lingkungan Kantor Dinas Pendidikan Nasional Kabupaten Bojonegoro. Pembangunan museum ini bertujuan untuk menyimpan dan melindungi benda-benda bersejarah yang dikumpulkan masyarakat di kantor kabupaten. Oleh karena itu, dilakukan kerjasama antara Kantor Wilayah Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Jawa Timur, Pemerintah Daerah Kabupaten Bojonegoro, dan Kantor Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Bojonegoro untuk mendirikan museum ini. Kepemilikan museum berada di bawah tanggung jawab Pemerintah Kabupaten Bojonegoro dan pengelolaanya diserahkan kepada Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Bojonegoro. Pada awalnya, museum menggunakan bangunan di lingkungan Kantor Dinas Pendidikan Nasional Kabupaten Bojonegoro. Namun karena adanya renovasi pada bangunan tersebut, maka dilakukan pemindahan koleksi Museum Rajakwesi ke gedung Sekolah Dasar Model Terpadu (SDMT) Sukowati Kapas pada pertengahan Juli 2013. Koleksi yang dimiliki museum antara lain fosil, prasasti, arca, dan kitab. Koleksi unggulannya adalah Prasasti Adan-adan.

Museum Kesehatan Jiwa merupakan museum kesehatan jiwa pertama di Indonesia dan berada di area rumah sakit. Dr. Radjiman Dewiodiningrat Lawang. Museum ini dibangun sebagai apresiasi terhadap perkembangan kesehatan jiwa di Indonesia. RSJ Dr. Radjiman Wediodiningrat sejak masa penjajahan Belanda sudah berdiri dan difungsikan sebagai tempat menampung pasien dengan permasalahan kesehatan jiwa dan masih terus beroperasi sampai sekarang. Di museum ini terdapat benda-benda yang berkaitan dengan kesehatan jiwa sejak masa Belanda. Sampai saat ini terdapat lebih dari 700 koleksi museum, sebagian koleksi ditempatkan di gudang dan sebagian lagi ditempatkan dalam pameran museum. Selain koleksi peralatan kesehatan jiwa, ada juga proyektor, alat pasung, hingga alat musik. Museum ini terbuka untuk umum dan diharapkan dapat memberikan pembelajaran tentang kesehatan jiwa kepada masyarakat luas. Selain itu museum juga mempersilahkan kepada masyarakat untuk berekreasi ataupun melakukan penelitian. Sampai saat ini museum masih dalam tahap perkembangan, dan terus mengalami perbaikan. Saat ini museum berada di bawah kepemilikan Dinas Kesehatan dan dikelola oleh Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Museum Kesehatan Jiwa Radjiman Wediodiningrat.

Museum Rumah Adat nan Baanjuang merupakan museum umum yang didirikan pada 1 Juli 1935 oleh seorang Belanda bernama Mr. Mondelar Countrolleur. Bangunan museum pada awalnya merupakan Rumah Adat nan Baanjuang (rumah gadang) yang berada di area kebun binatang.

Museum Perang Dunia II dan Perminyakan merupakan museum yang mulai dibangun pada 2015, dan selesai pada 2016. Museum Perang Dunia II dan Perminyakan terdiri dari dua gedung yang berbeda dan dikenal sebagai Museum Sejarah Tarakan. Museum ini dibuka untuk umum secara resmi oleh Walikota Tarakan pada 23 November 2017. Museum ini diharapkan dapat menjadi sumber informasi mengenai sejarah perang dunia II dan perminyakan di Tarakan.

Museum Singhasari merupakan museum umum yang diresmikan pada 20 Mei 2015. Lahan tempat dibangunnya museum adalah hibah dari pemilik Perumahan Singhasari Residence. Museum ini berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kabupaten Malang dan dikelola Dinas kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Malang. Koleksi yang dipamerkan adalah arkeologika dan etnografika.