Museum Situs Patiayam merupakan museum khusus yang menampung temuan dari daerah situs Patiayam. Museum ini menginformasikan mengenai kehidupan manusia beserta lingkungannya pada masa Plestosen. Museum ini mulai didirikan pada tahun 2004. Museum Situs Patiayam memiliki koleksi berjumlah 99 yang ditampilkan pada display. Jenis temuan berupa hewan purba kurang lebih 6230 fragmen terdiri dari spesien hewan laut, air tawar dan darat. Temuan teridentifikasi mencapai 3500 fragmen yang dilakukan oleh balai arkeologi Jogjakarta dan BPSMP Sangiran.

Museum Asi Mbojo merupakan museum yang menempati bekas bangunan Istana Kesultanan Bima. Istana Bima Asi Mbojo mengalami beberapa kali perubahan fungsi. Istana ini sempat berfungsi sebagai Gedung Daerah, Asrama Kompi, Kampus Sunan Giri, dan lain-lain. Pada tanggal 10 Agustus 1989 dialihfungsikan menjadi Museum Asi Mbojo yang diresmikan oleh Gubernur Nusa Tenggara Barat, H. Warsito dan Bupati Bima H. Oemar Harun dan pada tanggal 14 Januari 1997 diadakan renovasi dan penataan benda-benda pusaka peninggalan kerajaan.

Museum Wayang Indonesia merupakan museum khusus yang berada di Kecamatan Wuryantoro, Kabupaten Wonogiri. Museum ini didirikan oleh Bupati Begug Poernomosidi, dan diresmikan oleh Presiden Megawati pada tahun 2004. Museum ini berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kabupaten Wonogiri dan dikelola oleh Dinas Pendidikan Kabupaten Wonogiri. Museum ini mengoleksi wayang dari berbagai daerah di Jawa Tengah, Jawa Barat dan Bali. Koleksi wayang di museum ini berjumlah sekitar 200 yang terdiri dari Wayang Kulit Purwa, Wayang Golek, Wayang Bali, Wayang Klitik, Wayang Suket, Wayang Beber, Topeng, dan juga Bakalan Wayang. Koleksi lainnya adalah lukisan yang berukuran 3x3 cm buatan Ki Djoko Sutedjo, yang dinobatkan sebagai lukisan Semar terkecil oleh MURI.

Museum 1000 Moko merupakan museum khusus yang didirikan atas inisiatif Pemerintah Daerah Kabupaten Alor yang dimulai pada 2003. Museum ini diresmikan oleh Piet A. Tallo, Gubernur Nusa Tenggara Timur pada 4 Mei 2004. Penamaan Museum 1000 Moko menandakan bahwa Alor memiliki banyak Moko dan Moko merupakan warisan leluhur yang harus dilestarikan oleh generasi selanjutnya. Selain itu angka 1000 menunjukkan pada keanekaragaman potensi yang dimiliki Kabupaten Alor baik itu dari aspek sumber daya alam dan aspek kebudayaan yang masih terus dilestarikan oleh masyarakat Alor.

Museum Daerah Dr. (H.C) Oemboe Hina Kapita merupakan museum umum Daerah Sumba Timur. Museum ini diresmikan pada tahun 2007 oleh Ir. Umbu Mehang Kunda, Bupati Sumba Timur. Nama museum berasal dari nama tokoh Sumba yaitu Dr. Oemboe Hina Kapita yang telah menulis banyak buku mengenai Sumba seperti buku Sumba dalam Jangkauan Zaman, Lindai, Kamus Sumba-Indonesia Belanda, Lawiti Luluku Humba Pola Peribahasa Sumba, Tata Bahasa Sumba dalam Dialek Kambera, dan Lii Matua. Ia juga mendapatkan gelar doktor honoris causa dari Universitas Leiden, Belanda.

Pada tahun 1971 dilaksanakan pameran berbagai koleksi hasil kumpulan Gereja Protestan Maluku (GPM). Kemudian koleksi tersebut diserahkan kepada perwakilan Departemen Pendidikan dan Kebudayaan. Hal yang sama juga terjadi ketika tahun 1972/1973 ketika dilakukan penyitaan koleksi asal Maluku Tenggara dari dua orang peneliti asing. Pada 8 November 1973 terbentuk museum di Provinsi Maluku yang diresmikan oleh Direktur Jenderal Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Prof. Ida Bagus Mantra didampingi Direktur Permuseuman Drs. Amir Sutarga, yang berlokasi di Karang Panjang Ambon. Museum tersebut diresmikan dengan nama Museum Siwalima .