Museum Manusa Yadnya merupakan museum khusus yang pendiriannya sudah dirintis sejak tahun 1974 yang merupakan bagian dari pembangunan Mandala Wisata Mengwi. Pada tahun 1979 dengan memanfaatkan beberapa gedung Mandala Wisata, dibukalah Museum Manusa Yadnya yang bertujuan untuk menyelamatkan benda budaya Bali yang berhubungan dengan upacara daur hidup. Museum berada di bawah kepemilikan Pemerintah Kabupaten Badung dan dikelola oleh UPT Museum Yadnya. Pada tahun 2006 museum ini direvitalisasi dan resmi dibuka dengan memamerkan koleksi peralatan upacara Pitra Yadnya yang meliputi upacara Ngaben dan Memukur. Aneka perangkat yang digunakan dalam ritual-ritual keagamaan yang disebut panca yadnya. Secara sederhana, panca yadnya dapat diartikan sebagai persembahan suci dalam lima dimensi spiritual Hindu.

Warisan budaya Bangsa Indonesia sangat beragam, baik berupa peninggalan fisik maupun nonfisik. Salah satu peninggalan yang cukup penting adalah prasasti berbahan daun lontar. Prasasti berbahan daun lontar ini banyak ditemui di daerah Bali dan Lombok. Sampai saat ini masih terpelihara dengan baik walaupun sudah berkurang jumlahnya akibat rusak termakan usia. Saat ini institusi yang masih melindungi dan melestarikan lontar adalah UPTD Gedong Kirtya. Berbicara Gedong Kirtya tidak lepas dari jasa dua orang Belanda yakni F.A. Liefrienck dan Der. Van Der Tuuk yang telah mempelopori penelitian kebudayaan, adat istiadat dan bahasa di Bali. Ketertarikan mempelajari budaya Bali dan Lombok ini akhirnya ditindaklanjuti oleh LJJ Caron, Dr. ER Ng Purbacaraka, Dr. WR. Stuterheim, Dr. R Goris, Dr. Th Pigand, Dr. C Hooykaas dengan membuat pertemuan di Kintamani, dari hasil pertemuan ini lahirlah sebuah yayasan (stiching) yang menitikberatkan kegiatan untuk penyimpanan lontar dan kegiatan ini dibantu oleh para pinandita dan raja-raja sebali. Yayasan ini dapat dianggap sebagai miniatur asiatic society untuk daerah Bali dan Lombok karena banyak memiliki koleksi serta penerbitan-penerbitan berkala dari sarjana-sarjana yang mengadakan riset tentang seluk beluk mengenai Bali. Yayasan ini memiliki gedung sebagai tempat untuk melakukan aktivitas kegiatan mereka yang didirikan pada tanggal 2 Juni 1928. Gedung ini dinamakan Stiching Liefrinck Van Der Tuuk. Tetapi atas saran Raja Buleleng I Gusti Putu Djelantik, nama Gedung ini dtambah dengan Bahasa sansekerta-Bali KIRTYA. Sehingga menjadi Kirtya LIefrinck Van Der Tuuk. Dan mulai dibuka untuk umum pada tanggal 14 September 1928 atau 1850 Saka sesuai yang diperlihatkan monogram atau Candra Sengkala yang dipahat pada pintu masuk (Paduraksa). Paduraksa tersebut bergambar manusia yang menaiki gajah dengan busur panah ditangannya, kemudian membunuh musuhnya dan orang yang kena panah itu mati. Nilai yang terkandung dari masing-masing gambar sebagai berikut: Manusia (1), Gajah (8), Panah (5), Orang Mati (0), jadi jika dibaca tahun isakanya menjadi 1850.

Museum Manusia Purba Gilimanuk merupakan museum yang memamerkan temuan dari Situs Purbakala Gilimanuk. Situs Purbakala Gilimanuk ditemukan pada tahun 1962, yaitu dengan ditemukan berbagai peninggalan ketika pembuatan jalan dari hutan Cekik menuju Singaraja. Temuan-temuan tersebut dapat dikatakan bersifat arkeologis setelah dilaksanakannya tes menggunakan Radio Carbon Dating yang menunjukan bahwa Situs Purbakala Gilimanuk telah terdapat kehidupan Manusia Purba. Dari kegiatan ekskavasi pertama yang dilaksanakan mulai tahun 1963 yang dipimpin oleh Prof.Dr. R. P. Soejono, sampai terakhir tahun 2013 terkumpul hampir 140-an set rangka manusia beserta berbagai macam bekal kuburnya.

Museum Sepuluh Nopember merupakan museum khusus yang didirikan pada 10 November 1991 untuk mengenang keberanian masyarakat Surabaya dalam pertempuran 10 November 1945. Museum ini diresmikan oleh KH. Abdurrahman Wahid (Gus Dur) pada 19 Februari 2000. Kepemilikan museum ini dipegang oleh Dinas Kebuadayaan dan Pariwisata Kota Surabaya dan pengelolaannya di bawah tanggung jawab Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Monumen Tugu Pahlawan dan Museum Sepuluh Nopember. Bangunan Museum Sepuluh Nopember berada di sebelah Monumen Tugu Pahlawan yang telah ada jauh sebelum bangunan museum didirikan. Bangunan museum berada di bawah tanah, sehingga hanya atapnya saja yang terlihat. Penempatan ini dilakukan agar tidak menganggu pemandangan Tugu Pahlawan. Museum Sepuluh Nopember menyimpan memori dan artefak dari perjuangan arek-arek Surabaya yang heroik sebelum (pertempuran 3 hari) dan saat pertempuran 10 Nopember. Koleksi yang dipamerkan beragam, seperti foto-foto dokumentasi, senjata baik yang dipakai oleh rakyat Surabaya maupun senjata yang pernah dipakai pihak sekutu dan tentara Jepang. Selain itu, terdapat duplikat surat, hingga pakaian seragam tentara, dan nukilan sejarah yang dilengkapi dengan suara asli. Koleksi unggulan museum ini adalah suara pidato Bung Tomo.

"Museum Istano Basa Pagaruyung merupakan museum khusus. Istano Basa Pagaruyung dahulu merupakan kediaman dari Raja Alam, sekaligus pusat pemerintah dari sistem konfederasi yang dipimpin oleh triumvirat (tiga pemimpin) berjuluk ‘Rajo Tigo Selo’. Sistem kepemimpinan kerajaan dengan dibantu dua wakilnya, yaitu Raja Adat yang berkedudukan di Buo serta Raja Ibadat yang berkedudukan di Sumpur Kudus. Kedua wakil ini memutuskan berbagai perkara yang berkaitan dengan permasalahan adat serta agama. Tetapi, jika suatu permasalahan tidak terselesaikan maka barulah Raja Pagaruyung (Raja Alam) turun tangan menyelesaikannya. Bangunan asli dari istana ini awalnya berlokasi di Bukit Batu Patah. Setelah insiden tahun 1804 istana ini didirikan kembali, tetapi terbakar habis pada tahun 1966. Pada 27 Desember 1976 upaya rekonstruksi ulang kembali dilakukan dengan ditandai peletakan tunggak tuo (tiang utama) olehh Gubernur Sumatera Barat saat itu Harun Zain. Istana ini dibangun kembali dilokasinya yang baru di sisi selatan bangunan asli, yaitu lokasi saat ini."

Museum Palagan Perjuangan 1945 Bojong Kokosan merupakan museum khusus yang dibangun sebagai tanda penghargaan bagi para pejuang Sukabumi melawan tentara Inggris dan Nederlandsch Indie (NICA) yang datang dari arah Bogor ke Sukabumi atau disebut dengan pertempuran Bojong Kokosan. Pertempuran ini terbagi menjadi dua periode yaitu pada tanggal 9 – 12 Desember 1945 dan 10 -14 Maret 1946. Peristiwa Bojongkokosan merupakan salah satu faktor penyebab peristiwa Bandung Lautan Api, 24 Maret 1946. Hal ini disebabkan karena ditinjau dari strategi nasional daerah jalur Jakarta-Bogor-Sukabumi-Bandung, merupakan urat nadi kekuatan sekutu untuk menguasai daerah yang dilalui jalur tersebut.