Museum Bali merupakan museum umum yang pada awalnya merupakan museum etnografi yang didirikan oleh W.F.J. Kroon, asisten residen untuk Bali Selatan untuk melindungi dan melestarikan benda-benda budaya pada tahun 1910. Pemikiran ini atas dasar usulan dari Th.A. Resink dan mendapat sambutan yang baik dari kalangan ilmuwan, seniman, budayawan, dan seluruh raja-raja di Bali. Kroon kemudian memerintahkan Kurt Gundler, arsitek berkebangsaan Jerman yang sedang berada di Bali untuk meneliti agar membuat perencanaan bersama dengan para ahli bangunan tradisional Bali atau disebut undagi antara lain I Gusti Ketut Rai dan I Gusti Ketut Gede Kandel. Pembuatan bangunan tradisional juga menggunakan lontar asta kosala-kosali dan aspek keagamaan lainnya yang dijadikan sebagai pegangan utama oleh para undagi. Lain hal dengan Kurt Grundler selaku perencana bangunan modern mungkin lebih menekankan kepada kekuatan dan fungsi sebagai museum. Setelah pembangunan museum selesai, museum diresmikan pada tanggal 8 Desember 1932 dengan nama Bali Museum yang dikelola Yayasan Bali Museum. Bali Museum kemudian diambil alih oleh Pemerintah Daerah Provinsi Bali setelah Indonesia merdeka pada tanggal 17 Agustus 1945. Situasi yang masih menghadapi perang dengan NICA dan Jepang sehingga tanggal 5 Januari 1965 diserahkan kepada Pemerintah Pusat dibawah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dan selanjutnya berubah nama menjadi Museum Negeri Provinsi Bali.

Museum Karst dan Budaya Kabupaten Pangkejene dan Kepulauan adalah museum khusus yang diresmikan pada 5 April 2005 oleh Menteri Negara Lingkungan Hidup RI, Rachmat Witoelar. Keberadaan museum ini berkaitan dengan adanya Kawasan Karst Maros-Pangkep yang saat ini merupakan Kawasan Geopark Nasional yang diperkirakan merupakan kedua terbesar di dunia. Museum ini kemudian ditetapkan sebagai museum koleksi Karst dan Budaya pada 22 Nopember 2008 oleh Bupati Pangkep, Syafrduin Nur. Museum ini memiliki tiga fungsi, yaitu sebagai tempat koleksi flora dan fauna yang berkaitan dengan karst dan budaya, sebagai tempat penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan terkait karst dan budaya, serta sebagai pusat kegiatan dan informasi yang berhubungan dengan karst dan budaya.

Cikal bakal berdirinya Museum Provinsi Sulawesi Tenggara dimulai sejak tahun 1978/1979 dalam wadah proyek pembinaan permuseuman yang dikelola bidang Peninggalan Sejarah dan Kepurbakalaan di lingkungan Kantor Wilayah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Sulawesi Tenggara. Pada 1991 Museum Sulawesi Tenggara resmi menjadi Museum Provinsi Sulawesi Tenggara yang merupakan Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Kebudayaan dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 001/0/1991 Tanggal 9 Januari 1991. Seiring dengan berlakunya Undang-Undang Otonomi Daerah, maka Museum Provinsi Sulawesi Tenggara juga dilimpahkan ke pemerintah daerah, selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Provinsi Sulawesi Tenggara menjadi Unit Pengelola Teknis Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Sulawesi Tenggara. Tahun 2009 Museum Provinsi Sulawesi Tenggara berpindah menjadi Unit Pengelola Teknis Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Provinsi Sulawesi Tenggara. Selanjutnya tahun 2011 museum kembali sebagai Unit Pengelola Teknis Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Sulawesi Tenggara.

Museum Kota Tebing Tinggi dibangun pada tahun 2014 dan diresmikan pada tanggal pada tahun yang sama yakni 13 Desember 2014 oleh Walikota Tebing Tinggi, Ir. H. Umar Zunaidi Hasibuan dan Hj. Sri Kurnianingsih. Tujuan dari pendirian museum ini tidak lain sebagai media dukasi pendidikan bagi pelajar-pelajar untuk mengetahui tentang sejarah Tebingtinggi mulai dari zaman kerajaan, perang kemerdekaan dan masa orde baru. Pada awalnya gedung Museum Kota Tebing Tinggi merupakan bekas kantor Belanda, yang kemudian terus berganti sesuai kebutuhan hingga dijadikan sebagai balai kota, dan akhirnya dialihfungsikan sebagai museum.

Gedung Museum langkat adalah merupakan bangunan kerapatan kesultanan Langkat. Gedung museum diresmikan pada tanggal 22 Desember oleh Bupati Langkat Syamsul Arifin.Bangunan museum ini berdiri diatas lahan seluas 4049 m yang berbentuk segitiga dengan luas bangunan sekitar 453 m yang berada di persimpangan jalan. Museum langkat memiliki koleksi sebanyak buah 214 yaitu koleksi etnografika ,koleksi filologika, koleksi keramologika, koleksi hitorika dan koleksi numismatika .

Museum Kereta Api menempati bangunan yang dibangun oleh Pemerintah Kolonial Belanda pada 1902. Pembangunan stasiun kereta api Sawahlunto dimaksudkan sebagai moda transportasi pengangkut batubara pada masa itu pada awal abad-19 hingga pertengahan abad ke-20. Akhirnya pada tahun 2000 produksi batu bara di Sawahlunto yang berimbas pada aktifitas dan keberadaan kereta api di Sumatera Barat Akhirnya dengan diberhentikannya operasi kereta api di Sawah Lunto pada tahun 2003 menjadi titik awal dari rencana diadakannya museum kereta api. Museum ini dulunya merupakan stasiun kereta api yang termasuk dalam Devisi Regional III Sumatera Barat. Pembangunan museum kereta api ini juga sebagai upaya melestarikan Stasiun Sawahlunto, PT Kereta Api Indonesia dan pemerintahan Kota Sawahlunto bekerja sama memanfaatkan Stasiun Sawahlunto sebagai museum. Museum Sawahlunto diresmikan tanggal 17 Desember 2005 oleh Wakil Presiden Jusuf Kalla.