Di dalam Keputusan Gubernur Jawa Tengah Nomor 432.1.05/106/2005 tanggal 16 Desember 2005 tentang pembentukan tim Museum Masjid Agung Jawa Tengah, yang diperbaharui dengan keputusan Gubernur Jawa Tengah, Nomor 432.105/5/2006 tanggal 8 Februari. Museum Perkembangan Islam Jawa Tengah merupakan museum khusus yang berada di Semarang, Jawa Tengah, berlokasi di lantai 2 dan 3 Menara Asmaul Husna, Masjid Agung Jawa Tengah, Semarang. Museum ini berada di bawah kepemilikan Masjid Agung Jawa Tengah dan pengelolaan Dewan Pengurus Pusat (DPP) Masjid Agung Jawa Tengah. Museum ini mengoleksi peninggalan sejarah masa Islam dari berbagai daerah di Jawa Tengah. Koleksi museum berupa iluminasi Al-Quran, wayang golek Menak, wayang Sadat, Gayor Masjid Sunan Muria, keramik, dan beberapa koleksi lainnya. Museum ini juga menampilkan hubungan pesantren dengan nasionalisme melawan penjajah, seperti tulisan tokoh yang ditahan selama masa penjajahan dan pakaian santri masa penjajahan. Koleksi unggulan dari museum ini adalah pedang prajurit Diponegoro, maket Masjid Agung Jawa Tengah, gamelan, dan artefak kapal dagang.

Museum Soesilo Soedarman merupakan museum khusus yang dibangun untuk menghormati almarhum Jenderal Soesilo Soedarman (1928 – 1997), seorang pemimpin militer terkemuka Indonesia. Museum ini diresmikan pada 24 Maret 2000. Peresmian oleh Direktur Utama PT. Telkom Tbk, dan dihadiri oleh ibu Widaningsri Soesilo, Bupati Cilacap Herry Tabri Karta, SH, Bp. Dr.Ir. Indroyono Soesilo, Msc, Apu sebagai pemilik museum dan seluruh keluarga besar Soesilo Soedarman serta masyarakat setempat. Pengelolaan museum ini dipegang oleh Yayasan Museum Soesilo Soedarman. Museum menempati pendopo Jawa Wisma Mbah Ageng yang memperlihatkan ciri khas pendopo Banyumas yang dibangun pada 1899 oleh Eyang Dipakarsa. Ia adalah Penatus atau Kepala Desa Pertama di Desa Gentasari, yang dikenal pula sebagai Eyang Mendali, dan merupakan Eyang Buyut dari Soesilo Soedarman. Di dalam pendopo tedapat perabotan rumah tangga dan ornamen pusaka keluarga Jawa pada akhir abad ke- 19 dan awal abad 20. Di halaman museum terdapat kendaraan Panser Amphibi BRDM Batalyon Kavaleri I TNI AD “Badak Putih”. Selain itu, terdapat foto dan peluru kanon tank serta panser Indonesia.

Museum UNS merupakan museum khusus yang diresmikan oleh Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi RI, H. Mohamad Nasir Ph.D pada 11 Maret 2017. Museum ini berisi sejarah perjalanan UNS. Museum UNS terletak di gedung perpustakaan lantai 7 Kampus UNS Kentingan. Di dalamnya terdapat informasi dan sejarah serta data kesejarahan dan kebudayaan UNS. Mulai dari sejarah nama dan proses berdiri serta barang-barang bersejarah sejak 1952 hingga 1980. Di antaranya foto-foto kampus di awal pendirian hingga mesin ketik kuno yang dipakai rektor sebelum menjadi Kampus UNS. Terdapat pula piala, penghargaan, serta alat-alat olahraga lawas. Pendirian museum UNS diharapkan bisa menjadi rujukan, referensi dan pusat informasi bagi para peneliti, mahasiswa dan juga masyarakat umum. Bagaimana dan apa saja yang sudah dihasilkan UNS untuk ikut memajukan bangsa dari dunia pendidikan.

Roemah Martha Tilaar disebut juga sebagai Museum Budaya Gombong. Museum khusus ini didirikan oleh Wulan Tilaar untuk ibunya, Martha Tilaar yang telah lama ingin ikut membangun Kota kelahirannya. Museum diresmikan pada 6 Desember 2014 dan berada di bawah kepemilikan Martha Tilaar Group serta dikelola oleh Yayasan Warisan Budaya Gombong. Museum ini menempati kediamaan keluarga Dr. Martha Tilaar. Rumah ini pada awalnya merupakan kediaman keluarga besar Liem Siaw Law yang dibangun pada tahun 1920. Ia dikenal sebagai Baba Solam. Keluarganya merupakan keluarga pengusaha kaya Tionghoa di wilayah Gombong. Roemah Martha Tilaar merupakan perpaduan gaya Belanda, Jawa dan Tionghoa. Bentuk bangunan seperti rumah Belanda pada umumnya dan terdapat altar leluhur serta pintu partisi di mulut koridor seperti rumah Tionghoa. Di museum ini, masyarakat dapat mengetahui sejarah keluarga Martha Tilaar. Selain itu, galeri yang ada di museum ini menjual produk Martha Tilaar Group dan kerajinan tangan khas Indonesia, khususnya daerah Gombong. Kegiatan yang dilaksanakan di Roemah Martha Tilaar terdiri dari diskusi, lokalatih, festival, pertunjukan dan pameran seni. Museum ini berharap dapat menjadi wahana pendidikan dan rekreasi serta bermanfaat bagi masyarakat sekitar.

Museum Monumen Kesatuan Pergerakan Wanita Indonesia dikenal juga dengan nama Mandala Bhakti Wanitatama merupakan perwujudan hasrat wanita Indonesia untuk mendirikan monumen yang menandai kesatuan gerak dan langkah wanita Indonesia dalam perjuangan, yang dilandasi cita-cita Kongres Perempuan Indonesia yang pertama tahun 1928 di Yogyakarta. Pembangunan monumen ditugaskan kepada Yayasan Hari Ibu – Kowani yang didirikan pada tanggal 15 Desember 1953. Peletakan batu pertama dilaksanakan pada puncak Peringatan Seperempat Abad Kesatuan Pergerakan Wanita Indonesia pada tanggal 22 Desember 1953. Gedung ini kemudian diresmikan oleh Presiden Soeharto pada 22 Desember 1983

Museum Monumen Pangeran Diponegoro merupakan museum khusus yang menjadi rumah dari Pangeran Diponegoro, seorang Putra Sultan Hamengkubuwono III yang pada tahun 1825-1830 melakukan perlawanan terhadap Kolonialisme Belanda. Pangeran Diponegoro merupakan bangsawan yang menjadi pahlawan melawan penjajahan Belanda pada tahun 1825- 1830, berkat jasa- jasa, perjuangan dan dedikasinya tersebut Museum Wiratama ini didirikan untuk mengenang beliau. Pembangunan Museum (monumen) ini diprakarsai oleh Mayor Jenderal TNI Surono, yang kemudian dilanjutkan oleh Mayor Jenderal TNI Widodo. Museum ini diresmikan pada 9 Agustus 1969 oleh Presiden Soeharto