Museum Pusat TNI-AD Dharma Wiratama merupakan museum khusus milik TNI Angkatan Darat yang menyajikan kisah perjuangan pada masa sesudah Indonesia merdeka. Pada tahun 1950-1980, gedung museum ini digunakan sebagai Markas Komando Resirem (Makorem). Pada tahun 1980, fungsi gedung diubah menjadi museum Dharma Wiratama hingga sekarang

Museum Tani Jawa Indonesia merupakan museum khusus yang pendiriannya digagas oleh Kristya Bintara yang pada saat itu menjadi Lurah Desa Kebonagung tahun 1998. Pendirian museum ini diawali dengan dibentuknya desa wisata pendidikan yang berbasis pertanian dan hampir mayoritas penduduk desa berprofesi sebagai petani. Pada tahun 2005 mulai dikumpulkan koleksi pertanian di rumah Joglo Bapak Subandi selaku Dukuh Kanten. Akan tetapi, bangunan tersebut runtuh pada tahun 2006 saat terjadi gempa bumi. Selanjutnya museum didirikan kembali di rumah Bapak Sarjono/ Purwowiyono di Candran dan diresmikan pada 4 Mei 2007. Setelah diresmikan, museum kemudian segera memperbaiki koleksi-koleksi yang rusak akibat gempa bum

Gagasan awal mendirikan museum di TNI Angkatan Udara (TNI AU) dilandasi oleh adanya upaya untuk pewarisan, pelestarian serta untuk mengabadikan dan mendokumentasikan kegiatan-kegiatan maupun peristiwa-peristiwa bersejarah di lingkungan TNI AU. Museum merupakan sarana atau media untuk melaksanakan hal tersebut. Sebagai langkah awal adalah terbitnya Surat Keputusan Menteri/Panglima Angkatan Udara Nomor : 491 Tanggal 6 Agustus 1960 tentang Dokumentasi, Sejarah dan Museum Angkatan Udara Republik Indonesia. Perkembangan selanjutnya adalah ketika pada tanggal 21 April 1967, muncul embrio museum yang secara organisasi berada di bawah pembinaan Asisten Direktorat Hubungan Masyarakat Angkatan Udara Republik Indonesia. Pada saat itu, organisasi museum hanya terdiri dari bagian pembinaan benda-benda, bagian administrasi dan deskripsi serta bagian dokumentasi dan pameran. Melalui Instruksi Menteri/Panglima Angkatan Udara No.2 Tahun 1967 tanggal 30 Juli 1967 tentang Peningkatan Kegiatan Bidang Sejarah, Budaya dan Museum Angkatan Udara, maka titik terang dalam meletakkan rencana kerja pembangunan sebuah museum telah dimulai. Pada tanggal 4 April 1969, Menteri Panglima Angkatan Udara Laksamana Udara Roesmin Nurjadin meresmikan berdirinya Museum Pusat Angkatan Udara Republik Indonesia. Museum ini berlokasi di kawasan Markas Komando Wilayah Udara V (Makowilu), Jalan Tanah Abang Bukit Jakarta Pusat. Pada lembaga yang lain, yaitu di Lembaga Pendidikan Akademi Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (AKABRI) Bagian Udara Yogyakarta, sudah berdiri Museum Karbol. Pemikiran mulai diarahkan untuk mengintegrasikan kedua museum tersebut. Lokasi yang direncanakan adalah Yogyakarta, dengan dasar pertimbangan bahwa pada tahun 1945-1949 Yogyakarta memegang peranan penting sebagai tempat lahir dan pusat perjuangan TNI Angkatan Udara dan menjadi tempat penggodokan para taruna TNI AU sebagai calon perwira serta adanya semangat maguwo yang perlu dilestarikan. Kepala Staf TNI Angkatan Udara mengeluarkan keputusan No. Kep/11/IV/1978, tanggal 17 April 1978 menetapkan bahwa Museum Pusat AURI yang semula berkedudukan di Jakarta dipindahkan ke Yogyakarta, diintegrasikan dengan Museum Karbol dengan memanfaatkan bekas gedung Link Trainer yang berada di kawasan kesatrian AKABRI Bagian Udara dan berdasarkan Keputusan Kasau Nomor : Skep/04/IV/1978 tanggal 17 April 1978, nama museum menjadi Museum Pusat TNI AU "Dirgantara Mandala". Koleksi terus bertambah terutama pesawat terbang, sehingga gedung tersebut tidak dapat menampung serta lokasinya yang sukar dijangkau oleh pengunjung maka museum dipindahkan menempati gedung bekas pabrik gula Wonocatur di area Lanud Adistujipto. Rehabilitasi gedung tersebut didasarkan kepada Surat Perintah Kepala Staf TNI AU No. Sprin/05/IV/1984 tanggal 11 April 1984 tentang rehabilitasi gedung bekas pabrik gula untuk digunakan sebagai gedung permanen Muspusdirla. Pada tanggal 29 Juli 1984 Kepala Staf TNI AU Marsekal TNI Sukardi meresmikan penggunaan gedung yang sudah direhab tersebut sebagai gedung museum. Luas seluruhnya lebih kurang 8,2 Ha. Luas bangunan seluruhnya yang digunakan 8.765 M2. Tempat ini yang hingga sekarang dipergunakan sebagai museum dan telah dilakukan beberapa kali renovasi dalam rangka penyempurnaan sehingga menjadi tempat yang layak sebagai sebuah museum. Atas dasar pemikiran tersebut, Kepala Staf TNI Angkatan Udara selanjutnya menetapkan Museum Pusat AURI yang semula berkedudukan di Jakarta dipindahkan ke Yogyakarta diintegrasikan dengan Museum Pendidikan/ Karbol menjadi Museum Pusat TNI AU Dirgantara Mandala dan memanfaatkan Gedung Link Trainer di Kawasan Ksatrian AKABRI Bagian Udara. Peresmian museum ini dilakukan oleh Kepala Staf TNI AU Marsekal TNI Ashadi Tjahjadi bertepatan dengan Hari Bakti TNI Angkatan Udara tanggal 29 Juli 1978. Perkembangan selanjutnya dilakukan perluasan museum dengan memanfaatkan gedung bekas pabrik gula di Wonocatur Lanud Adisutjipto yang diresmikan oleh Kepala Staf TNI Angkatan Udara Marsekal TNI Sukardi pada 29 Juli 1984.

Monumen Kapal Selam merupakan bentuk asli dari kapal KRI Pasopati 410 dari satuan Kapal Selam Armada RI Kawasan Timur (Satselamartim). Pembangunan monumen ini ditandai dengan peletakan batu pertama tanggal 1 Juli 1995 oleh Gubernur Jawa Timur, Basofi Sudirman didampingi Panglima Komando Armada RI Kawasan Timur (Pangarmatim) Laksamana Muda (Laksda) TNI Gofar Soewarno. Monumen Kapal Selam kemudian diresmikan oleh Kepala Staf TNI Angkatan Laut (Kasal) Laksamana TNI Arief Kushariadi, pada 27 Juni 1998. Pembangunan Monumen Kapal Selam dilakukan dengan cara memotong-motong bagian kapal menjadi 16 blok yang dilakukan di PT. PAL Indonesia yang kemudian dibawa ke lokasi untuk dirakit ulang hingga menjadi wujud utuh KRI Pasopati.

Museum d’Topeng merupakan museum khusus yang didirikan oleh Reno dan Elly H yang memiliki ketertarikan terhadap topeng kuno. Setelah 25 tahun mengumpulkan topeng kuno dari seluruh Indonesia, mereka menyadari bahwa topeng kuno yang dikumpulkan tidak hanya disimpan namun juga harus dipamerkan agar orang lain dapat melihatnya dan menghargai salah satu bentuk seni tersebut. Ditambah bahwa saat ini generasi muda banyak yang memalingkan muka jika melihat suatu benda kuno karena kurang menginspirasi. Reno dan Elly H, pada 2008 memutuskan untuk mendirikan dan merancang museum yang memberikan pengalaman dan kesenangan bagi para pengunjung. Mereka secara resmi membuka Museum d’Topeng bersamaan dengan Merchandise and Antique Shop pada tahun 2010 yang kemudian dikelola oleh Unit Pelaksana Teknis (UPT) Museum d’Topeng. Koleksi yang dipamerkan di museum terdiri dari tekstil, keramik, patung, lukisan, boneka, senjata, dan benda tradisional yang terbuat dari kayu, logam, batu dan sebagainya.

Museum Kepresidenan Republik Indonesia “Balai Kirti” merupakan museum khusus yang diresmikan tanggal 18 Oktober 2014 pada masa kepemimpinan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono. Museum yang terletak di Kompleks Istana Bogor ini awalnya digagas oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan pembangunannya dimulai pada 2012 hingga 2014. Penamaan Museum Balai Kirti berasal dari bahasa Sanskerta dan Jawa Kuno. “Balai Kirti” memiliki arti sebagai “Ruang menyimpan kemahsyuran” yang mengisyaratkan bahwa di dalamnya terdapat barang-barang peninggalan bersejarah yang membawa pada kemahsyuran.