Perintah dari Presiden RI Ibu Megawati Sukarno Putri,untuk mengabadikan Kapal yang telah berlayar dari Jakarta sampi Afrikaa dalam rangka napak tilas jalur kayu manis

Lokasi Situs Song Terus yang terletak di Kawasan Cagar Budaya Gunung Sewu menyimpan jejak-jejak budaya dan perubahan lingkungan prasejarah Indonesia, khususnya di Kawasan Cagar Budaya Gunung Sewu selama ratusan ribu tahun. Meskipun tidak dapat dibuktikan secara langsung, para penghuni Gunung Sewu dipastikan adalah sosok-sosok yang pantang menyerah. Hal ini dapat dilihat dari pengetahuan yang diturunkan antar generasi melalui pengembangan dan penyesuaian antara teknologi peralatan dan kebudayaan dengan potensi lingkungan yang ada di sekitarnya. Oleh karena itu, Direktorat Jenderal Kebudayaan melalui Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuman selaku pembina dari museum-museum yang ada di Indonesia merasa perlunya membangun suatu museum atau ruang informasi yang menyampaikan sejarah perkembangan budaya prasejarah dalam sejarah Indonesia, khususnya pada masa Pleistosen akhir menuju Holosen sebagai kesinambungan dari Situs Manusia Prasejarah Sangiran. Setelah melalui proses sayembara desain bangunan yang diselenggarakan oleh kerja sama antara Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuman dan Ikatan Arsitek Indonesia pada tahun 2015, desain milik PT. Urbane Indonesia terpilih sebagai pemenang. Kemudian pembangunan gedung museum dilaksanakan sejak tahun 2016 hingga akhir 2019, dilanjutkan dengan penataan ruang pamer yang dilakukan selama tahun 2020. Pada 12 Oktober 2022 dilakukan peluncuran awal Museum Song Terus bersama dengan Museum Batik Indonesia di Jakarta, dan Museum Semedo di Tegal. Saat ini kepemilikan dan pengelolaan museum berada di bawah Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi.

Penemuan sisa manusia purba, fosil flora fauna, dan berbagai artefak batu serta artefak tulang pada kawasan cagar budaya Semedo mendorong Kementerian Pendidikan, Budaya, Riset, dan Teknologi melalui Direktorat Pelindungan Kebudayaan untuk membangun sarana pelestarian cagar budaya, sarana edukasi, dan rekreasi bagi masyarakat dalam bentuk sebuah museum. Museum Semedo dibangun pada tahun 2015 bekerja sama dengan Pemerintah Kabupaten Tegal. Museum Semedo didirikan untuk melestarikan tinggalan kehidupan manusia purba, mempublikasikan hasil penelitian, serta memberikan edukasi kepada masyarakat mengenai nilai penting Semedo sebagai salah satu situs arkeologi dan situs manusia purba terkemuka.

Museum Islam Indonesia K.H. Hasyim Asy’ari berisi berbagai koleksi artefak sejarah perkembangan Islam di Indonesia dari periode awal kemunculannya di Nusantara hingga masa kini. Ide pendirian MINHA digagas oleh Gus Sholah, adik mendiang Gus Dur. Beliau tergugah oleh banyaknya pengunjung yang datang untuk berziarah ke makam Gus Dur. Museum yang bertujuan untuk menyajikan informasi terkait dengan Sejarah perkembangan agama Islam di Indonesia dan kontribusinya terhadap bangsa Indonesia ini diresmikan pada tanggal 19 Desember 2018 oleh Presiden Republik Indonesia, Bapak Joko Widodo.

Museum Manusia Purba Sangiran (Klaster Bukuran) berdiri pada tahun 2014

1. Bermula dari hajatan kecil di tahun 1992, Bapak H Boediardjo memamerkan koleksi wayang-wayangnya dalam sebuah bangunan "galeri" yang dibangun di desa Tinggal, Wanurejo, Borobudur. 2. Tahun 1998 wayang-wayang yang ada di Galeri Tinggal di pindah ke salah satu ruangan (hall) bangunan Rumah Bugis 2. 3. Bulan Juni 2001 dimulailah pembangunan Museum Wayang dan pada tanggal 10 November 2001 diresmikanlah Museum Wayang dan Perpustakaan "Sasana Gunarasa" oleh Ibu Redjeki Boediardjo.