Prakarsa pembangunan Museum Sandi berawal dari keluhuran budi Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Sri Sultan Hamengkubuwono X yang berkeinginan untuk menempatkan koleksi persandian di Museum Perjuangan Yogyakarta. Hal tersebut disampaikan oleh Sri Sultan HB X saat menerima kunjungan widyakarya mahasiswa Sekolah Tinggi Sandi Negara (STSN) pada bulan Maret 2006. Tawaran tersebut disambut baik oleh Kepala Sandi Negara saat itu, Mayjend TNI Nachrowi Ramli yang kemudian membentuk Team Pengisian Museum Sandi yang dipimpin oleh Syahrul Mubarak, S.IP., M.M. Kegiatan pengisian Museum Sandi dimulai pertengahan tahun 2005, bersamaan dengan perencanaan pengembangan Monumen Sandi di Dusun Dukuh, Desa Purwoharjo, Kecamatan Samigaluh, Kabpaten Kulon Progo, Propinsi D.I Yogyakarta. Kegiatan tersebut sempat terhenti karena pada bulan Mei 2006 terjadi gempa bumi di sebagian daerah Yogyakarta yang juga merusak museum perjuangan, namun berkat komitmen dan dukungan dari semua pihak, museum perjuangan bisa direnovasi kembali dan museum sandi bisa diresmikan pada hari Selasa, 29 Juli 2008. Untuk meningkatkan pelayanan pada masyarakat yang berkunjung maka pada tanggal 29 Januari 2014 Museum Sandi menempati gedung baru di Jalan Faridan M Noto 21 Kotabaru Yogyakarta. Pembukaan secara resmi gedung baru tersebut dilakukan oleh Gubernur DIY HB X bersama Kepala Lembaga Sandi Negara. Mayjend TNI. Dr. Djoko Setiadi, M.Si. Pembentukan organisasi Museum Sandi telah mendapat persetujuan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara berdasarkan surat nomor B/25/M KT.01/2019 tanggal 8 Februari 2019 tentang Penataan Organisasi dan Tata Kerja Badan Siber dan Sandi Negara. Organisasi Museum Sandi diperkuat dengan adanya Peraturan Kepala Badan Siber dan Sandi Negara Nomor 3 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Museum Sandi.

th 2014 Diawali dari Ruang Garasi yang direnovasi ruang pamer 2 lantai dari Rumah Kediaman Tino Sidin di Jl. Tino SIdin 297, Kadipiro, Ngestiharjo, Kasihan, Bantul 55182. kemudian direvitalisasi Kemdikbud Direktorat PCBM dengan di perluas menjadi bangunan 2 lantai dan lantai ke 3 kecil untuk perpustakaan dan diresmkan oleh Mendikbud RI Bpk Prof.Muhadjir Effendi pada tanggal 14 Desember 2017.

Museum Ullen Sentalu didirikan oleh Keluarga Haryono dengan dukungan dari para sesepuh Dinasti Mataram yang bergabung dalam Yayasan Ulating Blencong Yogyakarta. Museum dibangun sejak akhir tahun 1980-an dan diresmikan pada 1 Maret 1997 oleh Gubernur DI Yogyakarta KGPAA Paku Alam VIII. Museum Ullen Sentalu dikelola oleh Yayasan Ulating Blencong Yogyakarta dan bermisi untuk merawat dan melestarikan seni dan budaya Jawa. Sejak peresmian hingga saat ini, Museum Ullen Sentalu masih dalam tahap pengembangan dan pembangunan untuk menjadi lembaga museum yang menjadi pusat studi sejarah, seni, dan budaya Jawa.

Pemilihan Stasiun Willem I sebagai lokasi museum akhirnya disepakati oleh Komisi D DPRD Jawa Tengah pada tanggal 6 Oktober 1976. Pada tanggal 21 April 1978, museum ini mulai dibuka dan mulai menyelenggarakan angkutan kereta api wisata uap. Rutenya adalah Ambarawa–Tuntang–Ambarawa dan Ambarawa–Bedono–Ambarawa

Museum Lukis Affandi pertama kali dirintis oleh Bapak Affandi, sebagai ruang pameran bagi sejumlah hasil karya lukisannya. Pembangunan gedung galeri pertama selesai pada tahun 1962. Bentuk dan rancangan Rumah Panggung dan galeri pertama dibuat oleh Bapak Affandi sendiri dan diilhami pada sebuah pelepah daun pisang yang memiliki filosofi tersendiri bagi Affandi. Affandi adalah putra ke-4 dari Ra Koesuma yang bekerja sebagai mantra ukur (juru gambar) di pabrik gula Jatiluhur Jawa Barat dengan istri keduanya Lajem yang dahulu merupakan gadis tercantik didesanya. Affandi adalah 5 bersaudara kakak pertama bernama Abu Bakar dan Kakak kedua Moh Subur (seorang insinyur) sedangkan kakak ketiga (perempuan) dan adik Affandi yaitu saudara yang ke 5 (perempuan) meninggal akibat penyakit cacar. Pada masa itu belum ada pengobatan atau vaksin seperti sekarang dan mereka yang sakit cacar hanya dibaringkan diatas daun pisang yang utuh kemudian ditutupi juga dengan daun pisang yang lain supaya terasa sejuk dan tidak dihinggapi lalat. Dari cerita inilah kemudian Affandi mempunyai ide untuk membuat atap – atap Museumnya mirip dengan pelepah daun pisang. Bangunan galeri pertama, dengan luas 314,6 m2, diresmikan oleh Direktur Jendral Kebudayaan Prof. Ida Bagus Mantra pada tahun 1974. Dan pada tahun 1987 Presiden Soeharto memberikan bantuan berupa pendirian sebuah bangunan galeri baru yang kedua dengan menempati area tanah seluas 351,5 m2, dan diresmikan oleh Mentri Pendidikan dan Kebudayaan Prof. DR. Fuad Hasan pada tanggal 9 Juni 1988. Museum Affandi ini dikelola oleh Yayasan Affandi sejak tanggal 24 September 1984. Kemudian pada tahun 1997 Yayasan Affandi membangun sebuah galeri yang ke tiga guna melengkapi fasilitas dan sarana pendukung lainnya yaitu lantai I sebagai ruang pamer, lantai II sebagai perkantoran, ruang restorasi lukisan, ruang basement untuk gudang lukisan dan bangunan menara disampingnya sebagai sudut pandang melihat sungai Gajah Wong dan jalan raya dengan luas bangunan 153 m2, yang diresmikan pada tanggal 18 Mei 2000 oleh Sri Sultan Hamengku Buwana X.

untuk ikut melestarikan candi borobudur