Museum Surabaya merupakan museum pemerintah yang menyediakan informasi mengenai kesejarahan Kota Surabaya. Museum yang menempati Gedung Siola ini terletak di kawasan yang terdapat beberapa cagar budaya di sekelilingnya. Gedung ini awalnya dibangun sebagai Toserba pada 1877. Pada masa pemerintahan Jepang, gedung diambil alih oleh pengusaha Jepang dan diganti menjadi toko tas sampai Jepang menyerah kepada Sekutu. Setelah itu gedung digunakan sebagai tempat pertahanan pahlawan Indonesia dari Sekutu lalu pada tahun 1960 gedung mulai difungsikan kembali oleh para pengusaha sebagai gedung “Siola” yang menyediakan berbagai kebutuhan dan dianggap sebagai pusat belanja besar pertama di Surabaya. Setelah itu gedung ini berganti-ganti fungsi dan pemilik karena kalah saing dengan toko-toko lainnya sampai akhirnya direnovasi oleh Pemerintah Kota Surabaya untuk difungsikan kembali. Pada tahun 2015 gedung mulai digunakan sebagai Museum Surabaya dan Unit Pelayanan Terpadu Satu Atap (UPTSA) Pusat Kota Surabaya. Koleksi-koleksi yang terdapat di dalam museum sebagian besar merupakan sumbangan dari organisasi perangkat daerah yang diharapkan dapat menambah informasi mengenai sejarah Surabaya di museum itu. Koleksi ini berupa arsip pemerintahan Kota Surabaya masa lalu, furnitur kuno, piano, trofi, dan lainnya. Saat ini kepemilikan museum berada di bawah Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kota Surabaya dan dikelola oleh Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD) Museum Surabaya.

Museum Pusaka Karo merupakan museum umum yang didirikan atas gagasan seorang misionaris Belanda bernama Leonardus Joosten Edigius yang lebih dikenal sebagai Pastor Leo Joosten Ginting (bere-bere Sitepu). Diresmikan pada tanggal 9 Februari 2013 oleh Dirjen Ekonomi Kreatif Berbasis Seni dan Budaya: Dr. Ahman Sya dan Uskup Agung Medan: Mgr. Anicetus Sinaga OFMCap. Museum ini dikelola oleh Yayasan Pusaka Karo yang berbasis di kota Berastagi, Kabupaten Karo - Sumatera Utara. Koleksi-koleksi yang dipamerkan di museum ini mayoritas adalah benda etnografika yang diperoleh secara hibah maupun dititipkan oleh masyarakat Karo itu sendiri..

Museum Batak TB Silalahi Center dibangun untuk melestarikan warisan budaya Batak diantara budaya modern yang sedang berlangsung. Museum ini juga dibangun untuk menyatukan enam sub etnis Batak di Sumatera Utara antara lain Toba, Simalungun, Karo, Mandailing, Angkola, dan Pakpak

Raz Collection Museum and Gallery merupakan museum khusus yang berdiri karena hobi dan kebiasaan Hj. Rahmawaty Sofyan Raz yang mengumpulkan, menata dan merapikan segala bentuk benda yang penuh dengan memori dan kenangan keluarga. Raz Collection Museum & Gallery diresmikan pada tanggal 25 Maret 2008 oleh Menteri Pendidikan periode 2005 – 2009 Prof. Dr. Bambang Sudibyo, MBA. Pengelolaan Raz Collection Museum & Gallery saat ini dilakukan oleh Raz Group.

Museum Universitas Pelita Harapan (MUPH) merupakan museum khusus yang persiapannya sudah dimulai sejak tahun1993, yaitu dengan dimulainya pengoleksian karya seni rupa. Museum Universitas Pelita Harapan adalah sebuah proyek museum seni rupa yang sedang dipersiapkan di kawasan Lippo Village, Karawaci, Tangerang, kira-kira 21 KM ke arah barat dari Ibukota Jakarta. Sejak bulan Juni 2015, MUPH menempati lokasi di kawasan kampus UPH Karawaci, yaitu di Gedung C (Paddock) UPH. MUPH juga memiliki perpustakaan yang berisi buku-buku referensi pilihan mengenai seni rupa Indonesia maupun dunia serta katalog pameran dan lelang karya

Museum Anatomi Unika Atmajaya merupakan museum khusus yang diresmikan pada 5 Juni 1995 oleh Ketua Yayasan Atma Jaya, Prof. Dr. H. E. Harimurti Kridalaksana bersamaan dengan Lustrum ke-35 Unika Atma Jaya dan diberkati oleh Romo F.X. Krismanto. Berdirinya Museum Anatomi Unika Atmajaya diprakarsai oleh dr. Liliana Sugiharto, MS. PAK (K), beliau belajar dari Museum Anatomi Katholieke Universiteit Nijmegen (KUN) di bawah supervisi Dr.L.M.G. Geeraedts. Pada tahun 2014, Museum Anatomi Unika Atmajaya mengalami renovasi dan diberkati oleh Ketua Dewan Pembina Yayasan Atma Jaya sekaligus Uskup Agung Jakarta, Mgr. Ignatius Suharyo.